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万見
- PDB-2i9h: NMR solution structure of the reduced form of thioredoxin 1 from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i9h
タイトルNMR solution structure of the reduced form of thioredoxin 1 from yeast (Trx1)
要素Thioredoxin I
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / yeast / oxireductase
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion priming complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / Detoxification of Reactive Oxygen Species / disulfide oxidoreductase activity / fungal-type vacuole / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum ...membrane fusion priming complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / vacuole fusion, non-autophagic / vacuole inheritance / Detoxification of Reactive Oxygen Species / disulfide oxidoreductase activity / fungal-type vacuole / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Oxidative Stress Induced Senescence / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein-disulfide reductase activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / cell redox homeostasis / mitochondrial intermembrane space / protein transport / Golgi membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle simulated annealing
データ登録者Pinheiro, A.S. / Amorim, G.C. / Almeida, F.C.L. / Valente, A.P.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: NMR solution structure of the reduced form of thioredoxin 1 from Sacharomyces cerevisiae
著者: Pinheiro, A.S. / Amorim, G.C. / Netto, L.E. / Almeida, F.C. / Valente, A.P.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2006
タイトル: (1)H, (13)C and (15)N Resonance Assignments for the Reduced Forms of Thioredoxin 1 and 2 from S. cerevisiae
著者: Pinheiro, A.S. / Amorim, G.C. / Netto, L.E. / Almeida, F.C. / Valente, A.P.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月19日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2451
ポリマ－11,2451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin I / Thioredoxin isoform 1 / TR-I / Thioredoxin 2 /


分子量: 11244.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRX1, TRX2, YLR043C / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22217

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
2223D 15N-separated NOESY
3332D NOESY
141HNCA-J
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
113C/15N uniformly labeled, 20mM phosphate buffer pH 7.0, DTT 10mM, Sodium azide 3mM; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
215N uniformly labeled, 20mM phosphate buffer pH 7.0, DTT 10mM, Sodium azide 3mM; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
3unlabeled, 20mM phosphate buffer pH 7.0, DTT 10mM, Sodium azide 3mM; 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM phosphate 7ambient 298 K
220 mM phosphate 7ambient 298 K
320 mM phosphate 7ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: torsion angle simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: cartesian simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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