PDB-5h9g: apo-ACP from Helicobacter pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h9g

タイトル

apo-ACP from Helicobacter pylori

要素

Acyl carrier protein

キーワード

LIPID TRANSPORT / ACP / fatty acid biosynthesis / Helicobacter pylori

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori P12 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zhang, L. / Zhang, L. / Shen, X. / Jiang, H.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: apo-ACP from Helicobacter pylori
著者: Zhang, L. / Zhang, L. / Shen, X. / Jiang, H.

履歴

登録	2015年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h9g.cif.gz	42.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h9g.ent.gz	29.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h9/5h9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t8kS 5h9h S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ksm-d 2x2b-d 5tzf-4 6l0o-d 4kyp-2 3dwm-1 1xln-1 3dwm-2 5h9h-2 2uzc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Acyl carrier protein

B: Acyl carrier protein

19.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acyl carrier protein

登録者が定義した集合体
9.64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acyl carrier protein

登録者が定義した集合体
9.64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.596, 49.596, 72.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Acyl carrier protein / ACP 分子量: 9637.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori P12 (ピロリ菌) 株: P12 / 遺伝子: acpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6JLE2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, 3.0 M Sodium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 6091 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.4 % / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T8K

1t8k

解像度: 2.6→15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2855	315	5.1 %
R_work	0.2405	5776	-
obs	-	6091	99.4 %

溶媒の処理

B_sol: 37.6428 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.59 Å² / B_iso mean: 36.8326 Å² / B_iso min: 7.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.802 Å²	-8.472 Å²	0 Å²
2-	-	-4.376 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.178 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1239	0	0	41	1280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.116	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.777	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.88	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.734	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.69 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3487	32	5.4 %
R_work	0.2407	564	-
obs	-	-	99.2 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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