[日本語] English
万見
- PDB-1ksm: AVERAGE NMR SOLUTION STRUCTURE OF CA LN CALBINDIN D9K -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ksm
タイトルAVERAGE NMR SOLUTION STRUCTURE OF CA LN CALBINDIN D9K
要素VITAMIN D-DEPENDENT CALCIUM-BINDING PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / LANTHANIDE IONS / CALCIUM-BINDING PROTEIN / PARAMAGNETIC NMR / PSEUDOCONTACT SHIFTS / RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D binding / calcium-dependent protein binding / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LANTHANUM (III) ION / Protein S100-G
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING TORSION ANGLE DYNAMICS
Model type detailsminimized average
データ登録者Bertini, I. / Donaire, A. / Luchinat, C. / Piccioli, M. / Poggi, L. / Parigi, G. / Jimenez, B.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2001
タイトル: Paramagnetism-based versus classical constraints: an analysis of the solution structure of Ca Ln calbindin D9k.
著者: Bertini, I. / Donaire, A. / Jimenez, B. / Luchinat, C. / Parigi, G. / Piccioli, M. / Poggi, L.
履歴
登録2002年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2002年1月23日ID: 1K31
改定 1.02002年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VITAMIN D-DEPENDENT CALCIUM-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1022
ポリマ－8,9631
非ポリマー1391
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 30minimized average structure
代表モデルモデル #1minimized average structure

-
要素

#1: タンパク質 VITAMIN D-DEPENDENT CALCIUM-BINDING PROTEIN / CABP / CALBINDIN D9K


分子量: 8963.168 Da / 分子数: 1 / 変異: P43M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02633
#2: 化合物 ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン


分子量: 138.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: La

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
121HNHA
131RELAXATION RATES
141J -MODULATED HSQC
151HNCO
161HNCA
171(H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細内容: 1.5 MM [15N, 13C] - CA LN CALBINDIN, PH 6.0 / 溶媒系: H20:D2O 90:10
試料状態イオン強度: WATER SOLUTION / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 300.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert, P., Mumenthaler, C. and Wuethrich, K構造決定
PSEUDYANA1.5Banci, L., Bertini, I., Cremonini, M.A., Gori Savellini, G., Luchinat, C., Wuthrich, K. and Guntert, P.構造決定
PSEUDYANA3.1Banci, L., Bertini, I., Cremonini, M.A., Gori Savellini, G., Luchinat, C., Wuthrich, K. and Guntert, P.精密化
精密化手法: SIMULATED ANNEALING TORSION ANGLE DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: minimized average structure
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る