PDB-4j8c: Crystal structure of the dimerization domain of Hsc70-interacting...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j8c

タイトル

Crystal structure of the dimerization domain of Hsc70-interacting protein

要素

Hsc70-interacting protein

キーワード

CHAPERONE / alpha helical dimer / Co-chaperone / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein folding / negative regulation of protein refolding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / dATP binding / Hsp70 protein binding / response to bacterium / : / protein-folding chaperone binding / protein dimerization activity / protein domain specific binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Li, Z. / Bracher, A.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure and function of Hip, an attenuator of the Hsp70 chaperone cycle.
著者: Li, Z. / Hartl, F.U. / Bracher, A.

履歴

登録	2013年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2018年6月6日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j8c.cif.gz	58.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j8c.ent.gz	43.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/4j8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j8dC 4j8eC 4j8fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nid-3 5tzf-3 1ksm-d 4lsy-1 2ctn-d 3c03-1 1ch0-1 2ksz-d 4j9a-5 6nid-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Hsc70-interacting protein

B: Hsc70-interacting protein

ヘテロ分子

10.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.775, 43.978, 32.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Hsc70-interacting protein / Hip / Protein FAM10A1 / Protein ST13 homolog 分子量: 5341.260 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-44 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fam10a1, Hip, St13 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) cod+ RIL / 参照: UniProt: P50503
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.52 Na-malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.90004 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.90004 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.3 % / Av σ(I) over netI: 4.6 / 数: 94893 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_sym value: 0.112 / D res high: 1.493 Å / D res low: 43.895 Å / Num. obs: 12978 / % possible obs: 98.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
4.72	43.9	99.7	1	0.054	0.054	7.1
3.34	4.72	100	1	0.05	0.05	7.4
2.73	3.34	100	1	0.072	0.072	7.2
2.36	2.73	100	1	0.088	0.088	7.3
2.11	2.36	100	1	0.11	0.11	7.4
1.93	2.11	100	1	0.153	0.153	7.4
1.78	1.93	99.9	1	0.227	0.227	7.4
1.67	1.78	99.8	1	0.297	0.297	7.3
1.57	1.67	99.7	1	0.375	0.375	7.3
1.49	1.57	92.4	1	0.513	0.513	7.2

反射

解像度: 1.1→43.98 Å / Num. all: 32315 / Num. obs: 32315 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 7.173 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.1-1.16	3.5	0.323	2	16236	4640	0.323	97.5
1.16-1.23	3.6	0.235	2.7	16076	4489	0.235	99.8
1.23-1.31	3.6	0.17	3.7	15323	4262	0.17	100
1.31-1.42	3.6	0.132	4.8	14258	3946	0.132	100
1.42-1.55	3.6	0.087	6.9	13203	3631	0.087	100
1.55-1.74	3.6	0.068	8.8	12009	3306	0.068	100
1.74-2	3.6	0.054	10.9	10499	2916	0.054	100
2-2.46	3.7	0.037	15.6	9216	2462	0.037	100
2.46-3.47	3.6	0.035	15.2	6863	1891	0.035	98.2
3.47-43.98	3.1	0.037	8.8	2402	772	0.037	71.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	データスケーリング
SHELX		位相決定
SHELX		モデル構築
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.1552 / WR_factor R_work: 0.1298 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.9235 / SU B: 0.871 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0321 / SU R_free: 0.0325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1618	1598	5 %	RANDOM
R_work	0.1349	-	-	-
all	0.1363	31136	-	-
obs	0.1363	30476	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.78 Å² / B_iso mean: 14.8781 Å² / B_iso min: 4.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	720	0	6	147	873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.722	1.987	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.969	3	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.865	5	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.358	21.795	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.445	15	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.067	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	975
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	183
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.32	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.217	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.757	1.5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.838	1.5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.134	2	850
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.673	3	379
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.247	4.5	304
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.995	3	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.702	3	147
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.972	3	1475

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.127 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.166	117	-
R_work	0.18	2128	-
all	-	2245	-
obs	-	-	93.66 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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