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- PDB-2n4c: EC-NMR Structure of Agrobacterium tumefaciens Atu1203 Determined ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n4c
タイトルEC-NMR Structure of Agrobacterium tumefaciens Atu1203 Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target AtT10
要素Uncharacterized protein Atu1203
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / putative metal-binding domain ATU1203 / EC-NMR / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / Protein Structure Initiative / PSI-Biology / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP
機能・相同性
機能・相同性情報


Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HMA domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Tang, Y. / Huang, Y.J. / Hopf, T.A. / Sander, C. / Marks, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Protein structure determination by combining sparse NMR data with evolutionary couplings.
著者: Tang, Y. / Huang, Y.J. / Hopf, T.A. / Sander, C. / Marks, D.S. / Montelione, G.T.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 0THIS ENTRY 2N4C REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA IN 2K2P DETERMINED ...THIS ENTRY 2N4C REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA IN 2K2P DETERMINED BY AUTHORS: A.LEMAK,A.GUTMANAS,A.YEE,A.SEMESI,C.H.ARROWSMITH,NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Atu1203


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7671
ポリマ－8,7671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Atu1203


分子量: 8766.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
株: C58 / 遺伝子: Atu1203 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CJD6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: AUTHOR USED THE EXPERIMENTAL DATA FROM ENTRY 2K2P.

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解析

NMR software
名称開発者分類
RosettaBaker, D.精密化
EVfold-plmデータ解析
ASDPデータ解析
CYANAGuntert, P., Mumenthaler, C. and Wuthrich, K.データ解析
EC-NMRデータ解析
TALOS+データ解析
ReduceRichardson, J., Richardson, D.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Protons from the Rosetta models were removed and added back using Reduce.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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