PDB-2k2p: Solution NMR structure of protein Atu1203 from Agrobacterium tume...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k2p

タイトル

Solution NMR structure of protein Atu1203 from Agrobacterium tumefaciens. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target AtT10, Ontario Center for Structural Proteomics target ATC1183

要素

Uncharacterized protein Atu1203

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / putative metal-binding domain Atu1203 / Ontario Centre for Structural Proteomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Lemak, A. / Gutmanas, A. / Yee, A. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of protein Atu1203 from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Lemak, A. / Gutmanas, A. / Yee, A. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2008年4月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k2p.cif.gz	343 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k2p.ent.gz	284.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k2p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/2k2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/2k2p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kgt-2 2k0p-d 2mkx-d 7nip-d 6e6s-1 3cjk-1 4u3o-d 2kow-d 1a7f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: AtT10 BMRB: 15721

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein Atu1203

8.77 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Uncharacterized protein Atu1203 分子量: 8766.727 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 18-81 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: AGR_C_2220, Atu1203 / プラスミド: P11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CJD6

#1: タンパク質

Uncharacterized protein Atu1203

分子量: 8766.727 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 18-81 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: AGR_C_2220, Atu1203 / プラスミド: P11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CJD6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D HNCO
1	2	1	3D HNCA
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HBHA(CO)NH
1	5	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C aliph NOESY
1	9	1	3D 1H-13C arom NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] Atu1203, 10 mM MOPS, 450 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 10 mM benzamidine, 0.01 % NaN3, 10 uM ZnSO4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	Atu1203	[U-13C; U-15N]	1
10 mM	MOPS		1
450 mM	sodium chloride		1
10 mM	DTT		1
10 mM	benzamidine		1
0.01 %	NaN3		1
10 uM	ZnSO4		1

試料状態

イオン強度: 450 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	Goddard	peak picking
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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