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Structure paper

タイトルProtein structure determination by combining sparse NMR data with evolutionary couplings.
ジャーナル・号・ページNat. Methods, Vol. 12, Page 751-754, Year 2015
掲載日2015年6月16日 (構造データの登録日)
著者Tang, Y. / Huang, Y.J. / Hopf, T.A. / Sander, C. / Marks, D.S. / Montelione, G.T.
リンクNat. Methods / PubMed:26121406
手法NMR (溶液)
構造データ

PDB-2n42:
EC-NMR Structure of Human H-RasT35S mutant protein Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n44:
EC-NMR Structure of Escherichia coli Maltose-binding protein Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target ER690
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n45:
EC-NMR Structure of Escherichia coli Maltose-binding protein Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data with a second set of RDC data simulated for an alternative alignment tensor. Northeast Structural Genomics Consortium target ER690
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n46:
EC-NMR Structure of Human H-RasT35S mutant protein Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n47:
EC-NMR Structure of Synechocystis sp. PCC 6803 Slr1183 Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target SgR145
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n48:
EC-NMR Structure of Escherichia coli YiaD Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target ER553
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n49:
EC-NMR Structure of Erwinia carotovora ECA1580 N-terminal Domain Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target EwR156A
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n4a:
EC-NMR Structure of Ralstonia metallidurans Rmet_5065 Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target CrR115
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n4b:
EC-NMR Structure of Ralstonia metallidurans Rmet_5065 Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target CrR115
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n4c:
EC-NMR Structure of Agrobacterium tumefaciens Atu1203 Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target AtT10
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n4d:
EC-NMR Structure of Agrobacterium tumefaciens Atu1203 Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target AtT10
手法: SOLUTION NMR

PDB-2n4f:
EC-NMR Structure of Arabidopsis thaliana At2g32350 Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target AR3433A
手法: SOLUTION NMR

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synechocystis sp. pcc 6803 substr. kazusa (バクテリア)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • pectobacterium atrosepticum scri1043 (バクテリア)
  • cupriavidus metallidurans ch34 (バクテリア)
  • agrobacterium fabrum str. c58 (バクテリア)
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / EC-NMR / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN / UNKNOWN FUNCTION / LIPID BINDING PROTEIN / cold shock protein / GFT NMR / NESGC / OB fold / protein structure / PSI / AHSA1 / COG3832 / PF08327 / start domain / putative metal-binding domain ATU1203 / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP / alpha / beta / ubiquitin fold

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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