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万見
- PDB-2n49: EC-NMR Structure of Erwinia carotovora ECA1580 N-terminal Domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n49
タイトルEC-NMR Structure of Erwinia carotovora ECA1580 N-terminal Domain Determined by Combining Evolutionary Couplings (EC) and Sparse NMR Data. Northeast Structural Genomics Consortium target EwR156A
要素Putative cold-shock protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / cold shock protein / GFT NMR / NESGC / EC-NMR / OB fold / protein structure / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold-shock protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Tang, Y. / Huang, Y.J. / Hopf, T.A. / Sander, C. / Marks, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2015
タイトル: Protein structure determination by combining sparse NMR data with evolutionary couplings.
著者: Tang, Y. / Huang, Y.J. / Hopf, T.A. / Sander, C. / Marks, D.S. / Montelione, G.T.
履歴
登録2015年6月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 0THIS ENTRY 2N49 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA IN 2K5N DETERMINED ...THIS ENTRY 2N49 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA IN 2K5N DETERMINED BY AUTHORS: J.L.MILLS, A.ELETSKY, Q.ZHANG, D.LEE, M.JIANG, C.CICCOSANTI, R.XIAO, J.LUI, J.K.EVERETT, G.V.T.SWAPNA, T.B.ACTON, B.ROST, G.T.MONTELIONE, T.SZYPERSKI,NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cold-shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4181
ポリマ－8,4181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative cold-shock protein


分子量: 8417.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 100% U-15N, 13C labeled sample
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
株: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / 遺伝子: ECA1580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D6V0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: Author used the experimental data from entry 2K5N.

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試料調製

試料濃度: 1.07 mM / 構成要素: EwR156A-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]

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解析

NMR software
名称開発者分類
RosettaBaker, D.精密化
EVfold-plmデータ解析
ASDPデータ解析
CYANAGuntert, P., Mumenthaler, C. and Wuthrich, K.データ解析
EC-NMRデータ解析
TALOS+データ解析
ReduceRichardson, J., Richardson, D.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Protons from the Rosetta models were removed and added back using Reduce.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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