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- PDB-2n3q: NMR structure of the II-III-VI three-way junction from the VS ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3q
タイトルNMR structure of the II-III-VI three-way junction from the VS ribozyme
要素RNA (62-MER)
キーワードRNA / VS ribozyme / Catalysis / Mg2+ ions
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Bonneau, E. / Girard, N. / Lemieux, S. / Legault, P.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2015
タイトル: The NMR structure of the II-III-VI three-way junction from the Neurospora VS ribozyme reveals a critical tertiary interaction and provides new insights into the global ribozyme structure.
著者: Bonneau, E. / Girard, N. / Lemieux, S. / Legault, P.
履歴
登録2015年6月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22020年9月30日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (62-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0221
ポリマ－20,0221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 RNA (62-MER)


分子量: 20021.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111D 1H WATERGATE
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N HSQC NH2 only
1412D HNN COSY
1512D 1H-1H NOESY
1612D 1H-15N CPMG-NOESY
1713D 15N-edited NOESY-HSQC
1863D 15N/13C-edited NOESY-HSQC
1962D G-specific H(NC)-TOCSY-(C)H
11062D A-specific H(NC)-TOCSY-(C)H
21122D 1H-15N MQ-(HC)N(C)H
21222D 1H-13C HSQC
21322D 1H-13C HMQC
21423D (H)CCH-COSY
21523D (H)CCH-TOCSY
21623D 13C-edited NOESY-HSQC
21732D 1H-13C HSQC
21832D 1H-13C HMQC
21933D (H)CCH-COSY
22033D (H)CCH-TOCSY
22133D 13C-edited NOESY-HSQC
22242D 1H-13C HSQC
22342D 1H-13C HMQC
22443D (H)CCH-COSY
22543D (H)CCH-TOCSY
22643D 13C-edited NOESY-HSQC
22752D 1H-13C HSQC
22852D 1H-13C HMQC
22953D (H)CCH-COSY
23053D (H)CCH-TOCSY
23153D 13C-edited NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-15N] RNA (62-MER), 5mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM [U-13C; U-15N] RNA (62-MER), 5mM MgCl2, 100% D2O100% D2O
32 mM [U-13C; U-15N]-Ade RNA (62-MER), 5mM MgCl2, 100% D2O100% D2O
42 mM [U-13C; U-15N]-Cyt RNA (62-MER), 5mM MgCl2, 100% D2O100% D2O
52.5 mM [U-13C; U-15N]-Gua RNA (62-MER), 5mM MgCl2, 100% D2O100% D2O
62 mM [U-13C; U-15N] RNA (62-MER), 5mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMRNA (62-MER)-1[U-15N]1
2 mMRNA (62-MER)-2[U-13C; U-15N]2
2 mMRNA (62-MER)-3[U-13C; U-15N]-Ade3
2 mMRNA (62-MER)-4[U-13C; U-15N]-Cyt4
2.5 mMRNA (62-MER)-5[U-13C; U-15N]-Gua5
2 mMRNA (62-MER)-6[U-13C; U-15N]6
5 mMMgCl2-11
5 mMMgCl2-22
5 mMMgCl2-33
5 mMMgCl2-44
5 mMMgCl2-55
5 mMMgCl2-66
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.5ambient 298 K
26.5ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CCPNMRCCPNデータ解析
CCPNMRCCPNchemical shift assignment
CCPNMRCCPNpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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