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万見
- PDB-2n1l: Solution structure of the BCOR PUFD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n1l
タイトルSolution structure of the BCOR PUFD
要素BCL-6 corepressor
キーワードTranscription Repressor / Polycomb / PcG / PRC1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / negative regulation of bone mineralization / blastocyst hatching / odontogenesis / roof of mouth development / heat shock protein binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding ...negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / negative regulation of bone mineralization / blastocyst hatching / odontogenesis / roof of mouth development / heat shock protein binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / heart development / DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats ...BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Wong, S.J. / Gearhart, M.D. / Ha, D.J. / Corcoran, C.M. / Diaz, V. / Taylor, A.B. / Schirf, V. / Ilangovan, U. / Hinck, A.P. / Demeler, B. ...Wong, S.J. / Gearhart, M.D. / Ha, D.J. / Corcoran, C.M. / Diaz, V. / Taylor, A.B. / Schirf, V. / Ilangovan, U. / Hinck, A.P. / Demeler, B. / Hart, J. / Bardwell, V.J. / Kim, C.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for the hierarchical assembly of the core of PRC1.1
著者: Wong, S.J. / Gearhart, M.D. / Ha, D.J. / Corcoran, C.M. / Diaz, V. / Taylor, A.B. / Schirf, V. / Ilangovan, U. / Hinck, A.P. / Demeler, B. / Hart, J. / Bardwell, V.J. / Kim, C.A.
履歴
登録2015年4月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-6 corepressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1131
ポリマ－13,1131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 10structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 BCL-6 corepressor / BCoR


分子量: 13112.706 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1634-1748 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCOR, KIAA1575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6W2J9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D HNCO
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 3 mM [U-13C; U-15N] BCOR PUFD, 10 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3 mMBCOR PUFD-1[U-13C; U-15N]1
10 mMTRIS-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMTCEP-41
試料状態イオン強度: 30 / pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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