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- PDB-4hpm: PCGF1 Ub fold (RAWUL)/BCORL1 PUFD Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpm
タイトルPCGF1 Ub fold (RAWUL)/BCORL1 PUFD Complex
要素
  • BCL-6 corepressor-like protein 1
  • Polycomb group RING finger protein 1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / POLYCOMB (ポリコーム群タンパク質) / BCORL1 / PCGF1 / RAWUL / NSPC1 / E3-LIGASE / CHROMOSOMAL PROTEIN (染色体) / TRANSCRIPTION REGULATION / CHROMATIN REGULATOR / TRANSCRIPTION REPRESSOR / LIGASE (リガーゼ) / METAL-BINDING / NUCLEUS (細胞核) / REPRESSOR (リプレッサー) / UBL CONJUGATION PATHWAY / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / PcG protein complex / promoter-specific chromatin binding / transcription corepressor activity / chromatin organization / クロマチンリモデリング / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding ...PRC1 complex / PcG protein complex / promoter-specific chromatin binding / transcription corepressor activity / chromatin organization / クロマチンリモデリング / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site ...BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / 薬指 / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / BCL-6 corepressor-like protein 1 / Polycomb group RING finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Junco, S.E. / Wang, R. / Gaipa, J. / Taylor, A.B. / Gearhart, M.D. / Bardwell, V.J. / Hart, P.J. / Kim, C.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of the Polycomb Group Protein PCGF1 in Complex with BCOR Reveals Basis for Binding Selectivity of PCGF Homologs.
著者: Junco, S.E. / Wang, R. / Gaipa, J.C. / Taylor, A.B. / Schirf, V. / Gearhart, M.D. / Bardwell, V.J. / Demeler, B. / Hart, P.J. / Kim, C.A.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-6 corepressor-like protein 1
B: Polycomb group RING finger protein 1
C: BCL-6 corepressor-like protein 1
D: Polycomb group RING finger protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5768
ポリマ－50,1964
非ポリマー3804
水4,720262
1
A: BCL-6 corepressor-like protein 1
B: Polycomb group RING finger protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2884
ポリマ－25,0982
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
2
C: BCL-6 corepressor-like protein 1
D: Polycomb group RING finger protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2884
ポリマ－25,0982
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.784, 65.794, 56.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 BCL-6 corepressor-like protein 1 / BCoR-L1 / BCoR-like protein 1


分子量: 14023.914 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1594-1711 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCORL1 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5H9F3
#2: タンパク質 Polycomb group RING finger protein 1 / Nervous system Polycomb-1 / NSPc1 / RING finger protein 68 / PCGF1 Ub fold (RAWUL)


分子量: 11074.042 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 167-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSPC1, PCGF1, RNF68 / プラスミド: pet-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BSM1
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium citrate, 19% polyethylene glycol (PEG) 1500, 100 mM dibasic sodium phosphate., pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.71 Å / Num. obs: 32631 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4455 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HPL

4hpl


解像度: 1.85→19.71 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 1994 6.12 %random
Rwork0.1992 ---
obs0.2021 32594 98.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3198 0 20 262 3480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0034461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5091261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006571
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89620.40371090.3531911X-RAY DIFFRACTION85
1.8962-1.94750.42571420.342162X-RAY DIFFRACTION98
1.9475-2.00470.29271450.24062190X-RAY DIFFRACTION100
2.0047-2.06940.27631320.21052213X-RAY DIFFRACTION100
2.0694-2.14320.2841560.19672169X-RAY DIFFRACTION100
2.1432-2.22890.31531430.21352203X-RAY DIFFRACTION100
2.2289-2.33020.35471440.2272216X-RAY DIFFRACTION100
2.3302-2.45290.2591510.19592202X-RAY DIFFRACTION100
2.4529-2.60620.25681370.19662212X-RAY DIFFRACTION100
2.6062-2.80690.27641460.21072213X-RAY DIFFRACTION100
2.8069-3.08840.25591490.20842218X-RAY DIFFRACTION100
3.0884-3.53310.2061610.18612207X-RAY DIFFRACTION100
3.5331-4.44290.20711340.1632231X-RAY DIFFRACTION100
4.4429-19.710.18721450.18052253X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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