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万見
- PDB-2n1i: Structure of the PR domain from PRDM16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n1i
タイトルStructure of the PR domain from PRDM16
要素PR domain zinc finger protein 16
キーワードTRANSCRIPTION / PR domain / PRDM16 / SET domain / HKMT / Lysine methyltransferase / MEL1
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9 monomethyltransferase activity / negative regulation of granulocyte differentiation / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / regulation of cellular respiration / aggresome / histone H3 methyltransferase activity / brown fat cell differentiation ...histone H3K9 monomethyltransferase activity / negative regulation of granulocyte differentiation / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / regulation of cellular respiration / aggresome / histone H3 methyltransferase activity / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / transcription repressor complex / transcription coregulator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PKMTs methylate histone lysines / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / methylation / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PRDM16, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / C2H2-type zinc finger / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger ...PRDM16, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / C2H2-type zinc finger / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase PRDM16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Sun, Y. / Armstrong, G. / Briknarova, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the PR Domain from PRDM16
著者: Sun, Y. / Armstrong, G. / Briknarova, K.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1701
ポリマ－19,1701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PR domain zinc finger protein 16 / PR domain-containing protein 16 / Transcription factor MEL1 / MDS1/EVI1-like gene 1


分子量: 19169.529 Da / 分子数: 1 / 断片: PR domain (UNP residues 54-226) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM16, KIAA1675, MEL1, PFM13 / プラスミド: pDEST 15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9HAZ2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D C(CO)NH
1713D HNCO
1813D HN(CA)CO
1913D H(CCO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D CCH-TOCSY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11412D HBCB(CGCD)HD
11523D 1H-15N NOESY
11632D DQF-COSY
11732D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.45-0.55 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PRDM16, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2.5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4-0.5 mM [U-99% 15N] PRDM16, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2.5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM PRDM16, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2.5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMPRDM16-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.45-0.551
20 mMpotassium phosphate-21
50 mMpotassium chloride-31
2.5 mMDTT-41
mMPRDM16-5[U-99% 15N]0.4-0.52
20 mMpotassium phosphate-62
50 mMpotassium chloride-72
2.5 mMDTT-82
0.5 mMPRDM16-93
20 mMpotassium phosphate-103
50 mMpotassium chloride-113
2.5 mMDTT-123
試料状態イオン強度: 0.088 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Varian NMR SystemVarianVarian NMR System8001
Varian Varian NMR SystemVarianVarian NMR System9002
Varian Varian NMR SystemVarianVarian NMR System5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJAgilentcollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmrCCPNデータ解析
CcpNmrCCPNchemical shift assignment
CcpNmrCCPNpeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeneration of torsion angle restraints
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Cartesian dynamics and Powell minimization in explicit water (default Aria refinement protocol)
NMR constraintsNOE constraints total: 5181 / NOE intraresidue total count: 938 / NOE sequential total count: 1196 / Hydrogen bond constraints total count: 0 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 74 / Protein psi angle constraints total count: 74
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 6.73 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.469 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0244 Å / Distance rms dev error: 0.00101 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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