PDB-6nuk: De novo designed protein Ferredog-Diesel

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nuk

タイトル

De novo designed protein Ferredog-Diesel

要素

Ferredog-Diesel

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Foldit

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Koepnick, B. / Bick, M.J. / DiMaio, F. / Norgard-Solano, T. / Baker, D.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: De novo protein design by citizen scientists.
著者: Koepnick, B. / Flatten, J. / Husain, T. / Ford, A. / Silva, D.A. / Bick, M.J. / Bauer, A. / Liu, G. / Ishida, Y. / Boykov, A. / Estep, R.D. / Kleinfelter, S. / Norgard-Solano, T. / Wei, L. / ...

履歴

登録	2019年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年7月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nuk.cif.gz	100.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nuk.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nuk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nuk_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nuk_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	6nuk_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	6nuk_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nuk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mrrC 6mrsC 6mspC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2i96-d 5onf-2 1rzw-d 1udl-d 1pcn-d 6w68-d 3lph-2 5d27-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferredog-Diesel

B: Ferredog-Diesel

25.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferredog-Diesel

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein elutes as a monodisperse peak at the expected volume.
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ferredog-Diesel

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.210, 69.210, 90.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Ferredog-Diesel 分子量: 12829.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M citrate pH 4.0, 3.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999989 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月17日
放射	モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→45.29 Å / Num. obs: 17452 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.08947 / R_pim(I) all: 0.02721 / R_rim(I) all: 0.09364 / Net I/σ(I): 16.94
反射シェル	解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 3.16 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 1682 / R_pim(I) all: 0.9595 / R_rim(I) all: 3.31 / % possible all: 97.65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3235: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Computational model generated by Rosetta software

解像度: 1.92→45.29 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2909	3203	10.02 %
R_work	0.2477	-	-
obs	0.2521	17452	98.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→45.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1672	0	0	37	1709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.694	2264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.775	1040
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	238
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9164-1.9451	0.4416	127	0.4337	1136	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9451-1.9754	0.3495	137	0.3858	1247	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9754-2.0078	0.3565	142	0.3477	1250	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0078-2.0425	0.3616	143	0.3361	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0425-2.0796	0.3693	137	0.335	1245	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0796-2.1196	0.3665	141	0.3159	1251	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1196-2.1629	0.3456	138	0.3055	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1629-2.2099	0.3139	135	0.2944	1258	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2099-2.2613	0.2944	137	0.283	1238	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2613-2.3178	0.3077	143	0.2871	1247	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3178-2.3805	0.3069	143	0.2877	1256	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3805-2.4505	0.3691	138	0.3151	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4505-2.5296	0.3536	142	0.292	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5296-2.62	0.3436	144	0.2871	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.7249	0.3592	143	0.3135	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7249-2.8489	0.3539	138	0.2778	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8489-2.9991	0.2792	135	0.2577	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9991-3.187	0.2981	141	0.279	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.187-3.4329	0.2814	143	0.2394	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4329-3.7783	0.2452	141	0.1981	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7783-4.3246	0.2752	143	0.2217	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3246-5.4471	0.234	137	0.1828	1251	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4471-45.3076	0.2822	135	0.2323	1275	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.9575	5.0886	3.962	4.0126	2.6526	6.5928	0.9862	-2.24	0.021	0.2676	-0.8493	0.0983	0.3049	-0.8702	0.0532	0.4178	0.1096	0.0439	0.4201	-0.0115	0.2806	3.3026	28.591	12.8531
2	7.6041	-0.4657	-1.2847	3.4582	1.3463	4.108	0.151	-0.1869	1.8276	-0.0449	0.102	-0.046	-0.4623	-0.2968	-0.2279	0.4662	0.0372	-0.049	0.4238	0.0423	0.6036	2.2618	48.8906	23.4848
3	3.078	-0.5838	-4.4832	6.7269	-0.5802	7.5673	-0.3063	-0.0603	0.0671	-0.3497	0.1914	-0.3899	0.3517	0.2278	0.02	0.3472	-0.0018	-0.047	0.3287	-0.0375	0.2681	6.6415	42.0281	22.2253
4	5.368	-0.8798	-4.3089	3.7618	-1.6625	6.2432	0.3057	-0.612	0.8439	-0.0448	0.2088	-0.2466	-1.8292	0.5717	-0.7283	0.7903	-0.0518	0.0009	0.7286	-0.1883	0.4838	7.6286	47.4282	31.7072
5	3.5261	-2.9538	1.3591	2.748	-1.7298	7.6564	0.1703	0.1437	-0.026	-1.3791	0.2858	0.6781	0.1879	-0.5317	-0.1126	0.4286	0.0724	0.0154	0.4429	-0.0222	0.3142	-6.8515	35.0149	60.9712
6	8.7614	-2.425	-4.4844	7.017	4.0615	4.4316	0.1159	0.0787	-0.0988	-0.5814	0.2634	-0.441	-0.4855	-0.8756	0.0216	0.4929	0.0799	-0.0379	0.6184	0.0922	0.3588	6.8577	38.638	44.6185
7	3.9119	-0.5903	-0.3343	4.436	1.6562	6.4921	0.475	0.1048	0.9964	-0.5873	0.1137	-2.6799	-0.5503	0.6028	-0.4133	0.3553	-0.1327	0.0516	0.5101	0.0534	0.8842	10.5978	44.7913	53.8523
8	7.8458	-2.3916	-1.6046	6.4687	-0.1158	8.2079	0.424	-0.2463	0.3039	0.5488	-0.3172	-0.2952	-0.6431	-1.0285	-0.0763	0.5631	-0.0122	0.0326	0.5271	0.0676	0.1856	3.5221	44.4598	49.4098
9	8.5117	-0.8855	-4.2394	8.0146	3.389	4.8877	0.9031	-0.9009	0.652	-0.1014	-0.065	-0.4288	-1.308	0.8914	-0.8429	0.671	-0.1448	0.0629	0.7169	-0.0058	0.3023	7.6079	45.8867	41.2875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -15 through 0 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 85 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -15 through 0 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 12 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 13 through 45 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 46 through 62 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 63 through 85 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)