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- PDB-2mxs: Solution NMR-structure of the neomycin sensing riboswitch RNA bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mxs
タイトルSolution NMR-structure of the neomycin sensing riboswitch RNA bound to paromomycin
要素RNA (27-MER)
キーワードRNA / Riboswitch / Aminoglycoside
機能・相同性PAROMOMYCIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, energy minimization
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Schmidtke, S. / Duchardt-Ferner, E. / Ohlenschlaeger, O. / Gottstein, D. / Wohnert, J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: What a Difference an OH Makes: Conformational Dynamics as the Basis for the Ligand Specificity of the Neomycin-Sensing Riboswitch.
著者: Duchardt-Ferner, E. / Gottstein-Schmidtke, S.R. / Weigand, J.E. / Ohlenschlager, O. / Wurm, J.P. / Hammann, C. / Suess, B. / Wohnert, J.
履歴
登録2015年1月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年2月3日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1732
ポリマ－8,5571
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (27-MER)


分子量: 8557.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HNCO
1422D 1H-15N H56C56C4N3H
1522D 1H-15N HSQC NH2 only
2632D 1H-13C HSQC aromatic
2732D 1H-13C HSQC aliphatic
2842D 1H-13C HSQC aliphatic
2933D 1H-13C NOESY-HSQC aliphatic
21033D 1H-13C NOESY-HMQC aromatic
21133D (H)CCH-COSY
21233D (H)CCH-TOCSY
21332D 1H-15N lrHSQC
21432D DQF-COSY
21532D 1H-31P HCP
21633D (H)CCH-TOCSY-E.COSY
21732D 13C filter NOESY
21832D 13C filter TOCSY
21932D quant 31P coupled 1H, 13C HSQC
22032D quant 31P coupled 1H-13C HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.64 mM RNA (27-MER), 0.64 mM Paromomycin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.89 mM 13C; 15N RNA (27-MER), 0.89 mM Paromomycin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.89 mM 13C; 15N RNA (27-MER), 0.89 mM Paromomycin, 100% D2O100% D2O
40.62 mM G-]13C; 15N] RNA (27-MER), 0.62 mM Paromomycin, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.64 mMRNA (27-MER)-11
0.64 mMParomomycin-21
0.89 mMRNA (27-MER)-313C; 15N2
0.89 mMParomomycin-42
0.89 mMRNA (27-MER)-513C; 15N3
0.89 mMParomomycin-63
0.62 mMRNA (27-MER)-7G-]13C; 15N]4
0.62 mMParomomycin-84
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.2ambient 283 K
26.2ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE8004
Bruker AvanceBrukerAVANCE9005
Bruker AvanceBrukerAVANCE9506

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak integration
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
OPALpLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, energy minimization / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1117 / NOE intraresidue total count: 587 / NOE long range total count: 94 / NOE sequential total count: 204
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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