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万見
- PDB-2mkr: Structural Characterization of a Complex Between the Acidic Trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mkr
タイトルStructural Characterization of a Complex Between the Acidic Transactivation Domain of EBNA2 and the Tfb1/p62 subunit of TFIIH.
要素
  • Epstein-Barr nuclear antigen 2
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
キーワードVIRAL PROTEIN/TRANSCRIPTION / EBV / EBNA2 / TFIIH / TFB1 / ACTIVATION / TRANSCRIPTION / PH DOMAIN / VIRAL PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / host cell nuclear matrix / symbiont-mediated perturbation of host transcription / DNA-templated viral transcription / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcription factor TFIIH core complex ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / host cell nuclear matrix / symbiont-mediated perturbation of host transcription / DNA-templated viral transcription / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / nucleotide-excision repair factor 3 complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / Dual incision in TC-NER / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription by RNA polymerase II / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / DNA repair / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like ...TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epstein-Barr nuclear antigen 2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 17
データ登録者Chabot, P.R. / Raiola, L. / Lussier-Price, M. / Morse, T. / Arseneault, G. / Archambault, J. / Omichinski, J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Complex between the Acidic Transactivation Domain of EBNA2 and the Tfb1/p62 Subunit of TFIIH.
著者: Chabot, P.R. / Raiola, L. / Lussier-Price, M. / Morse, T. / Arseneault, G. / Archambault, J. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2014年2月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
B: Epstein-Barr nuclear antigen 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5372
ポリマ－14,5372
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 1 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / TFIIH subunit TFB1 / RNA polymerase ...General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / TFIIH subunit TFB1 / RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor B p73 subunit


分子量: 12903.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: D9740.3, TFB1, YDR311W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2 / 参照: UniProt: P32776
#2: タンパク質・ペプチド Epstein-Barr nuclear antigen 2 / EBNA-2 / EBV nuclear antigen 2


分子量: 1633.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: BYRF1, EBNA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2 / 参照: UniProt: P12978

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1242D 1H-15N HSQC
1332D 1H-13C HSQC
1462D 1H-13C HSQC
1523D 1H-15N NOESY
1653D 1H-15N NOESY
1733D 1H-13C NOESY
1863D 1H-13C NOESY
1962D 1H-13C HSQC aromatic
11063D 1H-13C NOESY aromatic
11133D 1H-13C-12C intermolecular NOESY
11263D 1H-13C-12C intermolecular NOESY
11313D HNCO
11443D HNCO
11513D HN(CA)CB
11643D HN(CA)CB
11713D (H)CCH-TOCSY
11843D (H)CCH-TOCSY
11913D H(CCO)NH
12043D H(CCO)NH
12113D (H)CCH-COSY
12243D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM [U-13C; U-15N] Tfb1, 2.1 mM EBNA2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM [U-15N] Tfb1, 2.1 mM EBNA2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.7 mM [U-13C; U-15N] Tfb1, 2.1 mM EBNA2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-13C; U-15N] EBNA2, 1.5 mM Tfb1, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.5 mM [U-100% 15N] EBNA2, 1.5 mM Tfb1, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.5 mM [U-13C; U-15N] EBNA2, 1.5 mM Tfb1, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT-24, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMTfb1-1[U-13C; U-15N]1
2.1 mMEBNA2-21
20 mMsodium phosphate-31
1 mMDTT-41
0.7 mMTfb1-5[U-15N]2
2.1 mMEBNA2-62
20 mMsodium phosphate-72
1 mMDTT-82
0.7 mMTfb1-9[U-13C; U-15N]3
2.1 mMEBNA2-103
20 mMsodium phosphate-113
1 mMDTT-123
0.5 mMEBNA2-13[U-13C; U-15N]4
1.5 mMTfb1-144
20 mMsodium phosphate-154
1 mMDTT-164
0.5 mMEBNA2-17[U-100% 15N]5
1.5 mMTfb1-185
20 mMsodium phosphate-195
1 mMDTT-205
0.5 mMEBNA2-21[U-13C; U-15N]6
1.5 mMTfb1-226
20 mMsodium phosphate-236
1 mMDTT-246
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CCPNMRCCPNデータ解析
TALOSTALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
VNMRVariancollection
CNS精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1753 / NOE intraresidue total count: 389 / NOE long range total count: 419 / NOE medium range total count: 517 / NOE sequential total count: 379 / Protein phi angle constraints total count: 74 / Protein psi angle constraints total count: 71
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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