PDB-2mid: Solution structure of the CLAVATA encoded peptide of Arabidopsis ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mid

タイトル

Solution structure of the CLAVATA encoded peptide of Arabidopsis thaliana - AtCLE10

要素

CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 10

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / CLE / CLAVATA

機能・相同性

CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 9/10/11/12/13 / phloem development / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / maintenance of root meristem identity / apoplast / receptor serine/threonine kinase binding / regulation of cell differentiation / CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 10

機能・相同性情報

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Bobay, B.G. / DiGennaro, P.M. / Bird, D.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Inferring function of CLE peptides from high resolution tertiary structures
著者: DiGennaro, P.M. / Bobay, B.G. / Bird, D.M.

履歴

登録	2013年12月16日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mid.cif.gz	37.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mid.ent.gz	25.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mid_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mid_full_validation.pdf.gz	476.2 KB	表示
XML形式データ	2mid_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	2mid_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mieC 2mifC 2migC 2mihC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qmw-d 5mwy-2 7d37-d 6beo-d 1aqg-d 1id7-d 5mwp-2 6bx9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19674

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 10

1.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 10 / CLE10p 分子量: 1302.482 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 96-107 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: Q4PSX1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 4 mg/mL peptide, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
4 mg/mL	entity-1	1
137 mM	sodium chloride-2	1
2.7 mM	potassium chloride-3	1
10 mM	sodium phosphate-4	1
1.8 mM	potassium phosphate-5	1

試料状態

イオン強度: 140 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView		Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
NMRView		Johnson, One Moon Scientific	データ解析
NMRView		Johnson, One Moon Scientific	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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