PDB-7d37: Solution structure of Acm2-precursor peptide of Heat-stable enter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d37

タイトル

Solution structure of Acm2-precursor peptide of Heat-stable enterotoxin produced by Enterotoxigenic Escherichia coli

要素

CYS-CY1-GLU-LEU-CYS-CYS-ASN-PRO-ALA-CY1-THR-GLY-CYS

キーワード

TOXIN / Heat-stable enterotoxin / topological isomer / STh / STh(6-18)

機能・相同性

Heat-stable enterotoxin, STa / Heat-stable enterotoxin, conserved site / Heat-stable enterotoxin ST / Heat-stable enterotoxins signature. / toxin activity / extracellular space / Heat-stable enterotoxin A3/A4

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Shimamoto, S. / Hidaka, Y.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: Topological Regulation of the Bioactive Conformation of a Disulfide-Rich Peptide, Heat-Stable Enterotoxin.
著者: Shimamoto, S. / Fukutsuji, M. / Osumi, T. / Goto, M. / Toyoda, H. / Hidaka, Y.

履歴

登録	2020年9月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d37.cif.gz	37 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d37.ent.gz	24.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/7d37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/7d37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cssC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mid-d 6bx9-d 5mwy-2 5mwp-2 1aqg-d 1lvq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36386Solution structure of Acm2-precursor peptide of Heat-stable enterotoxin produced by Enterotoxigenic Escherichia coli

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYS-CY1-GLU-LEU-CYS-CYS-ASN-PRO-ALA-CY1-THR-GLY-CYS

1.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 1000	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	CYS-CY1-GLU-LEU-CYS-CYS-ASN-PRO-ALA-CY1-THR-GLY-CYS 分子量: 1461.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07965*PLUS
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	2	2	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	2	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	詳細	Label	溶媒系
solution	1	2 mg/mL Acm2-precursor peptide of STh, 100% D2O	50% CD3COOD	sample_1	100% D2O
solution	2	2 mg/mL Acm2-precursor peptide of STh, 90% H2O/10% D2O	50% CD3COOD	sample_2	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
2 mg/mL	Acm2-precursor peptide of STh	natural abundance	1
2 mg/mL	Acm2-precursor peptide of STh	natural abundance	2

試料状態

イオン強度: 1 mM / Label: conditions_1 / pH: 3 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: JEOL JNM ECA800 / 製造業者: JEOL / モデル: JNM ECA800 / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software	名称: CNS / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read / 分類: structure calculation
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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