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- PDB-6bx9: Solution structure of conotoxin reg3b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bx9
タイトルSolution structure of conotoxin reg3b
要素Conotoxin
キーワードTOXIN / mini-M / multi-turn scaffold
機能・相同性toxin activity / extracellular region / Conotoxin Reg3b
機能・相同性情報
生物種Conus regius (無脊椎動物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mari, F. / Dovell, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 066004 米国
Florida Sea Grant College ProgramR/LR-MB-18 米国
Florida Sea Grant College ProgramR/LR-MB-74 米国
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural plasticity of mini-M conotoxins - expression of all mini-M subtypes by Conus regius.
著者: Franco, A. / Dovell, S. / Moller, C. / Grandal, M. / Clark, E. / Mari, F.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年2月14日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6781
ポリマ－1,6781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1270 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Conotoxin / reg3b


分子量: 1678.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: venom duct / 由来: (天然) Conus regius (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P85021
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D TOCSY
131isotropic1DQF-COSY
241isotropic12D 1H-1H NOESY
251isotropic12D 1H-1H TOCSY
361isotropic12D 1H-1H TOCSY
371isotropic12D 1H-1H NOESY
381isotropic11D 1H exchange

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.275 mM reg3b, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.025 mM TSP, 90 % H2O
Label: 1H_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.275 mMreg3bnatural abundance1
10 %D2O[U-99% 2H]1
0.025 mMTSPnatural abundance1
90 %H2Onatural abundance1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1low-medium Not definedconditions_13.51 atm298 K
2low-medium Not definedconditions_23.51 atm273 K
3low-medium Not definedconditions_33.51 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMRVarian解析
X-PLOR NIH2.21Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
AQUARullmann, Doreleijers and Kapteinデータ解析
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 / 詳細: torsion angle dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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