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万見
- PDB-2mfl: Domain 2 of E. coli ribosomal protein S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mfl
タイトルDomain 2 of E. coli ribosomal protein S1
要素30S ribosomal protein S1
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / S1 / ribosome binding / translation initiation / RNA binding
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Giraud, P. / Crechet, J. / Bontems, F. / Uzan, M. / Sizun, C.
引用ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2015
タイトル: Resonance assignment of the ribosome binding domain of E. coli ribosomal protein S1.
著者: Giraud, P. / Crechet, J.B. / Uzan, M. / Bontems, F. / Sizun, C.
履歴
登録2013年10月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9841
ポリマ－19,9841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S1


分子量: 19983.512 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsA, EcDH1_2732, ECDH1ME8569_0862 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QZU1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCO
1713D HN(CA)CO
1822D 1H-15N HSQC
1923D HBHA(CO)NH
11023D 1H-15N NOESY
11132D 1H-13C HSQC
11233D (H)CCH-TOCSY
11333D (H)CCH-TOCSY aromatic
11433D CCH-TOCSY
11532D 1H-1H TOCSY
11632D 1H-1H NOESY
11733D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.25 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; U-80% 2H] S1F12, 25.0 mM sodium phosphate, 200.0 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] S1F12, 50.0 mM potassium phosphate, 200.0 mM potassium chloride, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] S1F12, 50.0 mM potassium phosphate, 200.0 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.25 mMS1F12-1[U-99% 13C; U-99% 15N; U-80% 2H]1
25.0 mMsodium phosphate-21
200.0 mMsodium chloride-31
0.2 mMS1F12-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50.0 mMpotassium phosphate-52
200.0 mMpotassium chloride-62
0.2 mMS1F12-7[U-99% 13C; U-99% 15N]3
50.0 mMpotassium phosphate-83
200.0 mMpotassium chloride-93
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.8 / 圧: 1.000 atm / 温度: 293.000 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9501
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.2CCPNspectrum display
CcpNmr Analysis2.2CCPNspectrum analysis
TopSpin3.1Brukerspectrum processing
TopSpin3.1Brukerstructure calculation
TopSpin3.1Herrmann, G?ntert and W?thrichspectrum processing
TopSpin3.1Herrmann, G?ntert and W?thrichstructure calculation
NMRPipeanyDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxspectrum processing
TALOS+anyDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxdihedral angles
TopSpin3.1Brukerspectrum processing
TopSpin3.1Brukerstructure calculation
TopSpin3.1Herrmann, G?ntert and W?thrichspectrum processing
TopSpin3.1Herrmann, G?ntert and W?thrichstructure calculation
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 660 / NOE intraresidue total count: 198 / NOE long range total count: 195 / NOE medium range total count: 67 / NOE sequential total count: 200
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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