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万見
- PDB-2khi: NMR structure of the domain 4 of the E. coli ribosomal protein S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2khi
タイトルNMR structure of the domain 4 of the E. coli ribosomal protein S1
要素30S ribosomal protein S1
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / ribosomal protein S1 / Acetylation / Phosphoprotein / Ribonucleoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of cytoplasmic translation / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / single-stranded RNA binding / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding ...positive regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of cytoplasmic translation / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / single-stranded RNA binding / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold ...: / Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Salah, P. / Bisaglia, M. / Aliprandi, P. / Uzan, M. / Sizun, C. / Bontems, F.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Probing the relationship between Gram-negative and Gram-positive S1 proteins by sequence analysis
著者: Salah, P. / Bisaglia, M. / Aliprandi, P. / Uzan, M. / Sizun, C. / Bontems, F.
履歴
登録2009年4月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0111
ポリマ－13,0111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 10012 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S1


分子量: 13010.658 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 267-361 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsA, ssyF, b0911, JW0894 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AG67

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-NOESY-HSQC
12213Caliphatic-NOESY-HSQC
1332D-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-0.7mM [U-100% 15N] Domain 4 of the E. coli ribosomal protein S1-1, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5-0.7mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Domain 4 of the E. coli ribosomal protein S1-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5-0.7mM [U-100% 15N] Domain 4 of the E. coli ribosomal protein S1-3, 100% D2O100% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMDomain 4 of the E. coli ribosomal protein S1-1[U-100% 15N]0.5-0.71
mMDomain 4 of the E. coli ribosomal protein S1-2[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-0.72
mMDomain 4 of the E. coli ribosomal protein S1-3[U-100% 15N]0.5-0.73
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
INCAGilquin B.構造決定
INCAGilquin B.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 12 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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