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万見
- PDB-2mf1: Structural basis of the non-coding RNA RsmZ acting as protein spo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mf1
タイトルStructural basis of the non-coding RNA RsmZ acting as protein sponge: Conformer R of RsmZ(1-72)/RsmE(dimer) 1to3 complex
要素
  • Carbon storage regulator homolog
  • RNA_(72-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Protein/RNA / non-coding RNA / translation repressor protein / Pseudomonas aeruginosa / messenger RNA / protein sequestration / two conformations / RNAse E cleave sites / homo-dimeric proteins / cooperativity / multiple protein binding sites / translation activation / ribosome binding site / large solution structure / electron paramagnetic resonance / protein sponge / RNP assembly / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Translational regulator CsrA1 / Translational regulator CsrA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Duss, O. / Michel, E. / Yulikov, M. / Schubert, M. / Jeschke, G. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis of the non-coding RNA RsmZ acting as a protein sponge.
著者: Duss, O. / Michel, E. / Yulikov, M. / Schubert, M. / Jeschke, G. / Allain, F.H.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon storage regulator homolog
B: Carbon storage regulator homolog
C: Carbon storage regulator homolog
D: Carbon storage regulator homolog
E: Carbon storage regulator homolog
F: Carbon storage regulator homolog
G: RNA_(72-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4607
ポリマ－70,4607
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 2500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Carbon storage regulator homolog


分子量: 7847.951 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
株: CHA0 / 遺伝子: rsmE, csrA, PFL_2095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KEY0, UniProt: P0DPC3*PLUS
#2: RNA鎖 RNA_(72-MER)


分子量: 23372.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1442D 1H-15N HSQC
1552D 1H-15N HSQC
1612D 1H-13C TROSY
1722D 1H-13C TROSY
1832D 1H-13C TROSY
1942D 1H-13C TROSY
11052D 1H-13C TROSY
11162D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM [U-13C; U-15N], segmentally labeled RNA (1-16 LABELED), 1.2 mM [U-100% 15N; U-80% 2H] RsmE, 0.03 mM sodium chloride, 0.05 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.2 mM [U-13C; U-15N], segmentally labeled RNA (17-40 LABELED), 1.2 mM [U-100% 15N; U-80% 2H] RsmE, 0.03 mM sodium chloride, 0.05 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.2 mM [U-13C; U-15N], segmentally labeled RNA (41-58 LABELED), 1.2 mM [U-100% 15N; U-80% 2H] RsmE, 0.03 mM sodium chloride, 0.05 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.2 mM [U-13C; U-15N], segmentally labeled RNA (59-72 LABELED), 1.2 mM [U-100% 15N; U-80% 2H] RsmE, 0.03 mM sodium chloride, 0.05 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.2 mM [U-13C; U-15N], segmentally labeled RNA (36-44 LABELED), 1.2 mM [U-100% 15N; U-80% 2H] RsmE, 0.03 mM sodium chloride, 0.05 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
60.2 mM RNA (72-MER), 1.2 mM [U-100% 15N; U-80% 2H] RsmE, 0.03 mM sodium chloride, 0.05 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMRNA (72-MER)-1[U-13C; U-15N], segmentally labeled1
1.2 mMRsmE-2[U-100% 15N; U-80% 2H]1
0.03 mMsodium chloride-31
0.05 mMpotassium phosphate-41
0.2 mMRNA (72-MER)-5[U-13C; U-15N], segmentally labeled2
1.2 mMRsmE-6[U-100% 15N; U-80% 2H]2
0.03 mMsodium chloride-72
0.05 mMpotassium phosphate-82
0.2 mMRNA (72-MER)-9[U-13C; U-15N], segmentally labeled3
1.2 mMRsmE-10[U-100% 15N; U-80% 2H]3
0.03 mMsodium chloride-113
0.05 mMpotassium phosphate-123
0.2 mMRNA (72-MER)-13[U-13C; U-15N], segmentally labeled4
1.2 mMRsmE-14[U-100% 15N; U-80% 2H]4
0.03 mMsodium chloride-154
0.05 mMpotassium phosphate-164
0.2 mMRNA (72-MER)-17[U-13C; U-15N], segmentally labeled5
1.2 mMRsmE-18[U-100% 15N; U-80% 2H]5
0.03 mMsodium chloride-195
0.05 mMpotassium phosphate-205
0.2 mMRNA (72-MER)-216
1.2 mMRsmE-22[U-100% 15N; U-80% 2H]6
0.03 mMsodium chloride-236
0.05 mMpotassium phosphate-246
試料状態イオン強度: 0.18 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo and Kollman精密化
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA sugar pucker constraints total count: 29 / NOE constraints total: 7441 / Protein phi angle constraints total count: 288 / Protein psi angle constraints total count: 292
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 2500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 1.22 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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