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- PDB-2mej: Solution Structure of the Complex Between BCL-xL and the p53 Core... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mej
タイトルSolution Structure of the Complex Between BCL-xL and the p53 Core Domain determined with PRE restraints
要素
  • Bcl-2-like protein 1
  • Cellular tumor antigen p53
キーワードAPOPTOSIS / BCL-xL / p53 / BCL-2 family / cytoplasmic p53 / selective labeling
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process ...apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / regulation of growth / oxidative stress-induced premature senescence / Bcl-2 family protein complex / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / T cell lineage commitment / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / BH domain binding / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / negative regulation of glial cell proliferation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / mitochondrial DNA repair / response to cycloheximide / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / ER overload response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of DNA replication / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to alkaloid / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / hepatocyte apoptotic process / entrainment of circadian clock by photoperiod / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / BH3 domain binding / necroptotic process / Zygotic genome activation (ZGA) / germ cell development / positive regulation of execution phase of apoptosis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / apoptotic mitochondrial changes / SUMOylation of transcription factors / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / general transcription initiation factor binding / negative regulation of anoikis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to X-ray / ectopic germ cell programmed cell death / replicative senescence / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Pyroptosis / mitophagy
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Immunoglobulin-like - #720 / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Immunoglobulin-like - #720 / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / p53-like tetramerisation domain superfamily / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Viacava Follis, A. / Grace, C.R. / Kriwacki, R.W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The DNA-binding domain mediates both nuclear and cytosolic functions of p53.
著者: Follis, A.V. / Llambi, F. / Ou, L. / Baran, K. / Green, D.R. / Kriwacki, R.W.
履歴
登録2013年9月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1483
ポリマ－48,0832
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 23669.945 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 24412.721 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 96-312 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04637
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: SOLUTION STRUCTURE OF THE KINETICALLY LABILE COMPLEX BETWEEN THE DNA BINDING DOMAIN OF P53 AND BCL-XL DETERMINED USING PARAMAGNETIC RELAXATION ENHANCEMENT AND LIMITED NOE CONSTRAINTS
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1442D 1H-15N HSQC
1552D 1H-15N HSQC
1652D 1H-15N HSQC
1772D 1H-15N HSQC
1882D 1H-15N HSQC
1992D 1H-15N HSQC
110102D 1H-15N HSQC
11123D 1H-15N NOESY
11213D HNCA
11313D HN(CA)CB
11413D HNCO
11513D HN(CO)CA
11612D 1H-13C HSQC aliphatic
11713D (H)CCH-TOCSY
11813D 1H-13C NOESY aliphatic
11922D 1H-13C HSQC aliphatic
12092D CBCACO
121102D CBCACO
12292D 1H-13C HSQC aliphatic
123102D 1H-13C HSQC aliphatic
NMR実験の詳細Text: HADDOCK STARTING STRUCTURES: FOR CHAIN A (BCL-XL), THE LOWEST ENERGY CONFORMER OF PDB ENTRY 2ME8 DEPOSITED BY THE AUTHORS; FOR CHAIN B (P53 DNA BINDING DOMAIN), CHAIN C OF PDB ENTRY 2AC0, THE P53 CRYSTAL STRUCTURE.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N; U-98% 2H] p53, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N; U-98% 2H] p53, 0.65 mM BCL-xL, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.1 mM [U-98% 15N; U-98% 2H] p53, 0.1 mM BCL-xL_C151MTSL, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
40.1 mM [U-98% 15N; U-98% 2H] p53, 0.1 mM BCL-xL_C151MTSL, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
50.1 mM [U-98% 15N; U-98% 2H] p53, 0.1 mM BCL-xL_C151S_S122C MTSL, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
60.1 mM [U-98% 15N; U-98% 2H] p53, 0.1 mM BCL-xL_C151S_S122C MTSL, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
70.1 mM [U-98% 15N; U-98% 2H] p53, 0.1 mM BCL-xL_C151S_S2C MTSL, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
80.1 mM [U-98% 15N; U-98% 2H] p53, 0.1 mM BCL-xL_C151S_S2C MTSL, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
90.1 mM [U-98% 15N; U-98% 2H] BCL-xL, 0.1 mM Co_p53, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
100.1 mM [U-98% 15N; U-98% 2H] BCL-xL, 0.1 mM p53, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMp53-1[U-98% 13C; U-98% 15N; U-98% 2H]1
0.6 mMp53-2[U-98% 13C; U-98% 15N; U-98% 2H]2
0.65 mMBCL-xL-32
0.1 mMp53-4[U-98% 15N; U-98% 2H]3
0.1 mMBCL-xL_C151MTSL-53
0.1 mMp53-6[U-98% 15N; U-98% 2H]4
0.1 mMBCL-xL_C151MTSL-74
0.1 mMp53-8[U-98% 15N; U-98% 2H]5
0.1 mMBCL-xL_C151S_S122C MTSL-95
0.1 mMp53-10[U-98% 15N; U-98% 2H]6
0.1 mMBCL-xL_C151S_S122C MTSL-116
0.1 mMp53-12[U-98% 15N; U-98% 2H]7
0.1 mMBCL-xL_C151S_S2C MTSL-137
0.1 mMp53-14[U-98% 15N; U-98% 2H]8
0.1 mMBCL-xL_C151S_S2C MTSL-158
0.1 mMBCL-xL-16[U-98% 15N; U-98% 2H]9
0.1 mMCo_p53-179
0.1 mMBCL-xL-18[U-98% 15N; U-98% 2H]10
0.1 mMp53-1910
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARAKeller, R.L.J.データ解析
CARAKeller, R.L.J.chemical shift assignment
HADDOCKBonvin, A.構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: ENERGY MINIMIZATION WITH 100 STEPS STEEPEST GRADIENT DESCENT FOLLOWED BY 100 CONJUGATE GRADIENT DESCENT STEPS
NMR constraintsNOE constraints total: 13 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 13 / NOE medium range total count: 0 / NOE sequential total count: 0 / Hydrogen bond constraints total count: 0 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 0 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 1.39 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.13 Å / Distance rms dev error: 0.06 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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