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- PDB-2mah: Solution structure of Smoothened -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mah
タイトルSolution structure of Smoothened
要素Protein smoothened
キーワードONCOPROTEIN / Smoothened / Hedgehog
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of SMO / blastoderm segmentation / Activation of CI / Activation of SMO / Hedgehog 'off' state / Bolwig's organ morphogenesis / Phosphorylation of SMO / eye-antennal disc morphogenesis / Assembly of the 'signalling complexes' / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc ...Activation of SMO / blastoderm segmentation / Activation of CI / Activation of SMO / Hedgehog 'off' state / Bolwig's organ morphogenesis / Phosphorylation of SMO / eye-antennal disc morphogenesis / Assembly of the 'signalling complexes' / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / compound eye morphogenesis / follicle cell of egg chamber development / wing disc anterior/posterior pattern formation / mucosal immune response / segment polarity determination / imaginal disc-derived wing morphogenesis / patched binding / pattern specification process / phosphatidic acid binding / regulation of stem cell differentiation / commissural neuron axon guidance / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / smoothened signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / somatic stem cell population maintenance / regulation of mitotic cell cycle / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / central nervous system development / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cilium / regulation of apoptotic process / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rana, R. / Lee, H. / Zheng, J.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the role of the Smoothened cysteine-rich domain in Hedgehog signalling.
著者: Rana, R. / Carroll, C.E. / Lee, H.J. / Bao, J. / Marada, S. / Grace, C.R. / Guibao, C.D. / Ogden, S.K. / Zheng, J.J.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein smoothened


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8811
ポリマ－14,8811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein smoothened / SMOH / Smooth / dSMO


分子量: 14881.296 Da / 分子数: 1 / 断片: FZ domain (UNP residues 85-202) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: smo, CG11561 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P91682

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D HBHA(CO)NH
1713D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細内容: 200 uM protein, 10 mM [U-2H] acetic acid, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMprotein-11
10 mMacetic acid-2[U-2H]1
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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