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万見
- PDB-2m5a: Protein A binding by an engineered Affibody molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m5a
タイトルProtein A binding by an engineered Affibody molecule
要素
  • Immunoglobulin G-binding protein A
  • ZpA963
キーワードPROTEIN BINDING / binding protein / protein engineering / protein A / Z domain / Affibody molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Immunoglobulin FC, subunit C / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Immunoglobulin FC, subunit C / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
artificial gene (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Hard, T.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2013
タイトル: High-affinity binding to staphylococcal protein A by an engineered dimeric Affibody molecule.
著者: Lindborg, M. / Dubnovitsky, A. / Olesen, K. / Bjorkman, T. / Abrahmsen, L. / Feldwisch, J. / Hard, T.
履歴
登録2013年2月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein A
B: ZpA963


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0422
ポリマ－13,0422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6840 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A


分子量: 6648.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
解説: In-house standard expression vector with T7 promoter
遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38507
#2: タンパク質 ZpA963


分子量: 6394.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物)
解説: In-house standard expression vector with T7 promoter
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D HN(COCA)CB
1613D 1H-15N TOCSY
1713D (H)CCH-COSY
1813D (H)CCH-TOCSY
1912D 1H-15N HSQC
11012D 1H-13C HSQC aliphatic
11112D (HB)CB(CGCDCE)HE
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY aliphatic
11413D 1H-13C NOESY aromatic
11512D F1(13C,15N)-filtered, F2(13C)-edited NOESY
11623D HNCO
11723D HNCA
11823D HN(CO)CA
11923D HN(CA)CB
12023D HN(COCA)CB
12123D 1H-15N TOCSY
12223D (H)CCH-COSY
12323D (H)CCH-TOCSY
12422D 1H-15N HSQC
12522D 1H-13C HSQC aliphatic
12622D (HB)CB(CGCDCE)HE
12723D 1H-15N NOESY
12823D 1H-13C NOESY aliphatic
12923D 1H-13C NOESY aromatic
13022D F1(13C,15N)-filtered, F2(13C)-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 to 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Z domain, 25% molar excess mM ZpA963, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.5 to 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ZpA963, 25 5 molar excess mM Z domain, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMZ domain-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.25 mMZpA963-21
0.5 mMZpA963-3[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.25 mMZ domain-42
試料状態イオン強度: 0.095 / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcPNMRCCPNpeak picking
CcPNMRCCPNchemical shift assignment
CcPNMRCCPNデータ解析
DANGLECheung MS, Maguire ML, Stevens TJ & Broadhurst RW (2010) J Magn Reson 202, 223-233.データ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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