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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m1v
タイトルNMR solution structure of the d3'-hairpin from the Sc.ai5gamma group II intron including the EBS1:dIBS1 RNA:DNA hybrid
要素
  • DNA_(5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3')_
  • RNA (29-MER)
キーワードDNA/RNA / RNA / DNA / ribozyme / group II intron / hybrid / reverse splicing / retrohoming / DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Skilandat, M. / Sigel, R.K.O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: The Role of Mg(II) in DNA Cleavage Site Recognition in Group II Intron Ribozymes: SOLUTION STRUCTURE AND METAL ION BINDING SITES OF THE RNADNA COMPLEX.
著者: Skilandat, M. / Sigel, R.K.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (29-MER)
B: DNA_(5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3')_


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4152
ポリマ－11,4152
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area896 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6264 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (29-MER)


分子量: 9301.547 Da / 分子数: 1 / 断片: d3'EBS1 / 由来タイプ: 合成
詳細: in vitro transcription from a synthetic double-stranded DNA template using T7 RNA Polymerase
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: DNA鎖 DNA_(5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3')_


分子量: 2113.410 Da / 分子数: 1 / 断片: dIBS1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1352D 1H-1H NOESY
1442D 1H-1H NOESY
1542D 1H-1H TOCSY
1632D 1H-15N HSQC
2722D 1H-15N HSQC
1862D 1H-13C HSQC aliphatic
1962D 1H-13C HSQC aromatic
31022D 1H-1H NOESY
21122D 1H-1H NOESY
11262D 1H-13C HSQC aliphatic
11362D 1H-13C HSQC aromatic
11411D 31P
1153F1, F2 X-filtered 1H-1H NOESY
1163F1, F2 X-filtered 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6-0.9 mM RNA (29-MER), 0.7-1.0 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
20.6-0.9 mM RNA (29-MER), 0.7-1.0 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6-0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 0.7-1.0 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5-1.0 mM RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
50.6-0.9 mM [3',4',5',5'',5]-100% 2H RNA (29-MER), 0.7-1.0 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
60.6-0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 0.7-1.0 mM DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
70.5-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
80.5-1.0 mM RNA (29-MER), 10 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMRNA (29-MER)-10.6-0.91
mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3')-20.7-1.01
110 mMpotassium chloride-31
10 uMEDTA-41
mMRNA (29-MER)-50.6-0.92
mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3')-60.7-1.02
110 mMpotassium chloride-72
10 uMEDTA-82
mMRNA (29-MER)-9[U-100% 13C; U-100% 15N]0.6-0.93
mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3')-100.7-1.03
110 mMpotassium chloride-113
10 uMEDTA-123
mMRNA (29-MER)-130.5-1.04
10 mMpotassium chloride-144
10 uMEDTA-154
mMRNA (29-MER)-16[3',4',5',5'',5]-100% 2H0.6-0.95
mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3')-170.7-1.05
110 mMpotassium chloride-185
10 uMEDTA-195
mMRNA (29-MER)-20[U-100% 13C; U-100% 15N]0.6-0.96
mMDNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*C)-3')-210.7-1.06
110 mMpotassium chloride-226
10 uMEDTA-236
mMRNA (29-MER)-24[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-1.07
10 mMpotassium chloride-257
10 uMEDTA-267
mMRNA (29-MER)-270.5-1.08
10 mMpotassium chloride-288
10 uMEDTA-298
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11106.8ambient 298 K
21106.8ambient 278 K
31106.8ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospin解析
TopSpin3Bruker Biospinデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrichデータ解析
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrich構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
X-PLOR NIH2.3Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.3Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 34 / NA beta-angle constraints total count: 22 / NA chi-angle constraints total count: 36 / NA delta-angle constraints total count: 26 / NA epsilon-angle constraints total count: 22 / NA gamma-angle constraints total count: 22 / NA other-angle constraints total count: 33 / NA sugar pucker constraints total count: 78 / NOE constraints total: 733 / NOE intraresidue total count: 240 / NOE sequential total count: 351 / Hydrogen bond constraints total count: 82
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 18 / Maximum lower distance constraint violation: 0.2 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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