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万見
- PDB-2lum: Three-State Ensemble obtained from eNOEs of the Third Immunoglobu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lum
タイトルThree-State Ensemble obtained from eNOEs of the Third Immunoglobulin Binding Domain of Protein G (GB3)
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードPROTEIN BINDING / correlated dynamics / NOE / eNOE / exact nuclear Overhauser effect / structure calculation / structure ensemble
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Vogeli, B. / Kazemi, S. / Guntert, P. / Riek, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Spatial elucidation of motion in proteins by ensemble-based structure calculation using exact NOEs.
著者: Vogeli, B. / Kazemi, S. / Guntert, P. / Riek, R.
履歴
登録2012年6月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2151
ポリマ－6,2151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)60 / 100
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6214.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: spg / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D [13C,15N]-resolved NOESY
1213D [15N]-resolved NOESY
1313D [15N]-resolved NOESY

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試料調製

詳細内容: 4 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] Third Immunoglobulin G-binding protein G, 50 mM potassium phosphate, 0.5 mg/mL sodium azide, 50 mM sodium chloride, 97% H2O/3% D2O
溶媒系: 97% H2O/3% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
4 mMThird Immunoglobulin G-binding protein G-1[U-95% 13C; U-95% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
0.5 mg/mLsodium azide-31
50 mMsodium chloride-41
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THREE-STATE ENSEMBLE OBTAINED FROM ENOES OF THE THIRD IMMUNOGLOBULIN BINDING DOMAIN OF PROTEIN G (GB3). STATE A, B AND C ARE REPRESENTED BY THE MODELS 1-20, 21-40 AND 41-60, RESPECTIVELY. ...詳細: THREE-STATE ENSEMBLE OBTAINED FROM ENOES OF THE THIRD IMMUNOGLOBULIN BINDING DOMAIN OF PROTEIN G (GB3). STATE A, B AND C ARE REPRESENTED BY THE MODELS 1-20, 21-40 AND 41-60, RESPECTIVELY. SIMULTANEOUSLY OPTIMIZED MODELS ARE N, N+20 AND N+40.
NMR constraintsNOE constraints total: 884 / NOE intraresidue total count: 277 / NOE long range total count: 241 / NOE medium range total count: 122 / NOE sequential total count: 244 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 54
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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