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万見
- PDB-2lmd: Minimal Constraints Solution NMR Structure of Prospero Homeobox p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lmd
タイトルMinimal Constraints Solution NMR Structure of Prospero Homeobox protein 1 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4660B
要素Prospero homeobox protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte cell migration / branching involved in pancreas morphogenesis / positive regulation of cell cycle checkpoint / positive regulation of forebrain neuron differentiation / otic placode formation / negative regulation of bile acid biosynthetic process / olfactory placode formation / endocardium formation / lens placode formation involved in camera-type eye formation / lymphatic endothelial cell fate commitment ...hepatocyte cell migration / branching involved in pancreas morphogenesis / positive regulation of cell cycle checkpoint / positive regulation of forebrain neuron differentiation / otic placode formation / negative regulation of bile acid biosynthetic process / olfactory placode formation / endocardium formation / lens placode formation involved in camera-type eye formation / lymphatic endothelial cell fate commitment / dorsal spinal cord development / retina morphogenesis in camera-type eye / ventricular cardiac myofibril assembly / atrial cardiac muscle tissue morphogenesis / aorta smooth muscle tissue morphogenesis / lymphatic endothelial cell differentiation / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / cerebellar granule cell differentiation / positive regulation of heart growth / venous blood vessel morphogenesis / positive regulation of sarcomere organization / epithelial cell migration / blood vessel endothelial cell differentiation / hepatocyte proliferation / lymphangiogenesis / acinar cell differentiation / lens fiber cell morphogenesis / neuron fate determination / neuronal stem cell population maintenance / dentate gyrus development / hepatocyte differentiation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / pancreas development / neural tube development / lens development in camera-type eye / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / DNA binding domain binding / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of viral genome replication / ventricular septum morphogenesis / LBD domain binding / skeletal muscle thin filament assembly / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / neuroblast proliferation / positive regulation of cell cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / response to nutrient levels / liver development / kidney development / nuclear receptor binding / lung development / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / brain development / regulation of circadian rhythm / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / circadian rhythm / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeo-prospero domain / Homeo-prospero domain / Homeo-prospero domain superfamily / Prospero homeodomain family / Homeo-prospero domain / Homeo-Prospero domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Prospero homeobox protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Rossi, P. / Lange, O.A. / Lee, H. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...Rossi, P. / Lange, O.A. / Lee, H. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Determination of solution structures of proteins up to 40 kDa using CS-Rosetta with sparse NMR data from deuterated samples.
著者: Lange, O.F. / Rossi, P. / Sgourakis, N.G. / Song, Y. / Lee, H.W. / Aramini, J.M. / Ertekin, A. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Baker, D.
履歴
登録2011年11月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prospero homeobox protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7241
ポリマ－20,7241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Prospero homeobox protein 1 / Homeobox prospero-like protein PROX1 / PROX-1


分子量: 20723.791 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 575-737 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PROX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q92786

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1323D HNCO
1423D CBCA(CO)NH
1523D HN(CA)CB
1613D 1H-13C arom NOESY
1713D 1H-15N NOESY
1823D 1H-13C-13C HSQC NOESY HSQC
1913D 1H-13C NOESY
11023D 1H-13C NOESY
11132D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.96 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR4660B, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM Calcium Chloride, 0.02 % sodium azide, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.2 mM [U-13C; U-15N; U-2H] HR4660B, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM Calcium Chloride, 0.02 % sodium azide, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.86 mM [5% 13C; U-100% 15N] HR4660B, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM Calcium Chloride, 0.02 % sodium azide, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.96 mMHR4660B-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
200 mMsodium chloride-21
10 mMDTT-31
5 mMCalcium Chloride-41
0.02 %sodium azide-51
20 mMMES-61
0.2 mMHR4660B-7[U-13C; U-15N; U-2H]2
200 mMsodium chloride-82
10 mMDTT-92
5 mMCalcium Chloride-102
0.02 %sodium azide-112
20 mMMES-122
0.86 mMHR4660B-13[5% 13C; U-100% 15N]3
200 mMsodium chloride-143
10 mMDTT-153
5 mMCalcium Chloride-163
0.02 %sodium azide-173
20 mMMES-183
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PALESPALES (Zweckstetter, Bax)geometry optimization
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: MD steps: 200 HEAT-1000 HOT 100 COOL, PARAM 19 timestep 0.004 ns heat, 0.004 ns hot, 0.001 ns cool, 0.3 weight rdc
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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