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万見
- PDB-2lm5: Solution structure of Ca2+-CIB1 in complex with the cytoplasmic d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lm5
タイトルSolution structure of Ca2+-CIB1 in complex with the cytoplasmic domain of the integrin aIIb subunit
要素Calcium and integrin-binding protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of catalytic activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin ...calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / endomitotic cell cycle / positive regulation of male germ cell proliferation / filopodium tip / positive regulation of catalytic activity / thrombopoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of microtubule depolymerization / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / platelet formation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of cell-matrix adhesion / spermatid development / regulation of cell division / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein targeting to membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein-membrane adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to ischemia / cell periphery / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to nerve growth factor stimulus / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / small GTPase binding / ruffle membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to tumor necrosis factor / double-strand break repair / lamellipodium / regulation of cell population proliferation / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of neuron projection development / growth cone / positive regulation of cell growth / angiogenesis / vesicle / perikaryon / transmembrane transporter binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection / cell adhesion / nuclear body / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / axon / negative regulation of cell population proliferation / cell division / neuronal cell body / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / calcium ion binding / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium and integrin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 2
データ登録者Huang, H. / Vogel, H.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the activation of platelet integrin alphaIIb-beta3 by calcium- and integrin-binding protein 1.
著者: Huang, H. / Vogel, H.J.
履歴
登録2011年11月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium and integrin-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5873
ポリマ－24,5071
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest RDC energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Calcium and integrin-binding protein 1 / CIB / Calcium- and integrin-binding protein / CIBP / Calmyrin / DNA-PKcs-interacting protein / ...CIB / Calcium- and integrin-binding protein / CIBP / Calmyrin / DNA-PKcs-interacting protein / Kinase-interacting protein / KIP / SNK-interacting protein 2-28 / SIP2-28


分子量: 24507.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIB1, CIB, KIP, PRKDCIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99828
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D HNCO
1313D HCACO
1413D HN(COCA)CB
1553D HNCO type RDC
1652D 1H-15N HSQC IPAP
1723D (H)CCH-TOCSY
1832D 1H-13C HSQC
1963D HNCO type RDC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-13C; U-2H], I/L/V methyl [1H,13C] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 100% D2O100% D2O
30.5 mM [U-10% 13C] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-2H], I/L/V methyl [1H,13C] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 100% D2O100% D2O
50.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 14 mg/mL pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 5 % C12E5/glycerol (0.96/1), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCIB1-1[U-13C; U-15N; U-2H]1
5 mMDTT-2[U-2H]1
2 mMCALCIUM ION-31
100 mMsodium chloride-41
50 mMHEPES-51
0.6 mMaIIb peptide-61
0.5 mMCIB1-7[U-13C; U-2H], I/L/V methyl [1H,13C]2
5 mMDTT-8[U-2H]2
2 mMCALCIUM ION-92
100 mMsodium chloride-102
50 mMHEPES-112
0.6 mMaIIb peptide-122
0.5 mMCIB1-13[U-10% 13C]3
5 mMDTT-14[U-2H]3
2 mMCALCIUM ION-153
100 mMsodium chloride-163
50 mMHEPES-173
0.6 mMaIIb peptide-183
0.5 mMCIB1-19[U-2H], I/L/V methyl [1H,13C]4
5 mMDTT-20[U-2H]4
2 mMCALCIUM ION-214
100 mMsodium chloride-224
50 mMHEPES-234
0.6 mMaIIb peptide-244
0.5 mMCIB1-25[U-13C; U-15N; U-2H]5
5 mMDTT-26[U-2H]5
2 mMCALCIUM ION-275
100 mMsodium chloride-285
50 mMHEPES-295
0.6 mMaIIb peptide-305
14 mg/mLpf1 phage-315
0.5 mMCIB1-32[U-13C; U-15N; U-2H]6
5 mMDTT-33[U-2H]6
2 mMCALCIUM ION-346
100 mMsodium chloride-356
50 mMHEPES-366
0.6 mMaIIb peptide-376
5 %C12E5/glycerol (0.96/1)-386
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: two steps: 1st step, 200K->20K; 2nd step, 20K->2K. For the 1st step, use ca2+-CIB1 (PDB: 2L4H) as a template and for the 2nd step, use the lowest-energy str. from step1 as the template
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest RDC energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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