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万見
- PDB-2lf4: Structure of a monomeric mutant of the HIV-1 capsid protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lf4
タイトルStructure of a monomeric mutant of the HIV-1 capsid protein
要素Gag polyprotein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / fullerene
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 4
データ登録者Shin, R.S. / Tzou, Y. / Krishna, N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure of a Monomeric Mutant of the HIV-1 Capsid Protein.
著者: Shin, R. / Tzou, Y.M. / Krishna, N.R.
履歴
登録2011年6月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6441
ポリマ－26,6441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Gag polyprotein


分子量: 26643.502 Da / 分子数: 1 / 変異: W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q72497, UniProt: P12497*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1262D 1H-15N SOFAST HMQC
1332D 1H-13C HSQC
1423D CBCA(CO)NH
1523D HNCO
1623D HNCA
1743D HN(CA)CB
1833D (H)CCH-TOCSY
1953D (H)CCH-TOCSY
11033D (H)CCH-COSY
11153D (H)CCH-COSY
11213D 1H-15N NOESY
11333D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-98% 15N] HIV-1 CA, 25 mM sodium chloride, 25 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 10 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide, 0.1 mM AEBSF protease inhibitor, 1 mM [U-99% 2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HIV-1 CA, 25 mM sodium chloride, 25 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 10 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide, 0.1 mM AEBSF protease inhibitor, 1 mM [U-99% 2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
32 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HIV-1 CA, 25 mM sodium chloride, 25 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 10 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide, 0.1 mM AEBSF protease inhibitor, 1 mM [U-99% 2H] EDTA, 100% D2O100% D2O
42 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HIV-1 CA, 25 mM sodium chloride, 25 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 10 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide, 0.1 mM AEBSF protease inhibitor, 1 mM [U-99% 2H] EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
52 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HIV-1 CA, 25 mM sodium chloride, 25 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 10 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide, 0.1 mM AEBSF protease inhibitor, 1 mM [U-99% 2H] EDTA, 100% D2O100% D2O
62 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HIV-1 CA, 25 mM sodium chloride, 25 mM [U-99% 2H] sodium acetate, 10 mM [U-99% 2H] DTT, 0.02 % sodium azide, 0.1 mM AEBSF protease inhibitor, 1 mM [U-99% 2H] EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMHIV-1 CA-1[U-98% 15N]1
25 mMsodium chloride-21
25 mMsodium acetate-3[U-99% 2H]1
10 mMDTT-4[U-99% 2H]1
0.02 %sodium azide-51
0.1 mMAEBSF protease inhibitor-61
1 mMEDTA-7[U-99% 2H]1
2 mMHIV-1 CA-8[U-98% 13C; U-98% 15N]2
25 mMsodium chloride-92
25 mMsodium acetate-10[U-99% 2H]2
10 mMDTT-11[U-99% 2H]2
0.02 %sodium azide-122
0.1 mMAEBSF protease inhibitor-132
1 mMEDTA-14[U-99% 2H]2
2 mMHIV-1 CA-15[U-98% 13C; U-98% 15N]3
25 mMsodium chloride-163
25 mMsodium acetate-17[U-99% 2H]3
10 mMDTT-18[U-99% 2H]3
0.02 %sodium azide-193
0.1 mMAEBSF protease inhibitor-203
1 mMEDTA-21[U-99% 2H]3
2 mMHIV-1 CA-22[U-98% 13C; U-98% 15N]4
25 mMsodium chloride-234
25 mMsodium acetate-24[U-99% 2H]4
10 mMDTT-25[U-99% 2H]4
0.02 %sodium azide-264
0.1 mMAEBSF protease inhibitor-274
1 mMEDTA-28[U-99% 2H]4
2 mMHIV-1 CA-29[U-98% 13C; U-98% 15N]5
25 mMsodium chloride-305
25 mMsodium acetate-31[U-99% 2H]5
10 mMDTT-32[U-99% 2H]5
0.02 %sodium azide-335
0.1 mMAEBSF protease inhibitor-345
1 mMEDTA-35[U-99% 2H]5
2 mMHIV-1 CA-36[U-98% 13C; U-98% 15N]6
25 mMsodium chloride-376
25 mMsodium acetate-38[U-99% 2H]6
10 mMDTT-39[U-99% 2H]6
0.02 %sodium azide-406
0.1 mMAEBSF protease inhibitor-416
1 mMEDTA-42[U-99% 2H]6
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospinデータ解析
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 50,000 steps
NMR constraintsNOE constraints total: 3052 / NOE intraresidue total count: 1005 / NOE long range total count: 420 / NOE medium range total count: 720 / NOE sequential total count: 907 / Hydrogen bond constraints total count: 190 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 1 / Protein phi angle constraints total count: 192 / Protein psi angle constraints total count: 193
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.54 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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