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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lew | ||||||
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タイトル | Structural Plasticity of Paneth cell alpha-Defensins: Characterization of Salt-Bridge Deficient Analogues of Mouse Cryptdin-4 | ||||||
要素 | Alpha-defensin 4Alpha defensin | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / アズール顆粒 / 小胞 / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide ...pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / アズール顆粒 / 小胞 / innate immune response in mucosa / phospholipid binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / protein homodimerization activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Rosengren, K. / Andersson, H.S. / Haugaard-Kedstrom, L.M. / Bengtsson, E. / Daly, N.L. / Craik, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Amino Acids / 年: 2012 タイトル: The alpha-defensin salt-bridge induces backbone stability to facilitate folding and confer proteolytic resistance. 著者: Andersson, H.S. / Figueredo, S.M. / Haugaard-Kedstrom, L.M. / Bengtsson, E. / Daly, N.L. / Qu, X. / Craik, D.J. / Ouellette, A.J. / Rosengren, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lew.cif.gz | 200.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lew.ent.gz | 173.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lew.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/2lew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/2lew | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3699.547 Da / 分子数: 1 / 変異: E15G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Defa4, Defcr4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28311 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.3 mg (E15G)-Crp4, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/mL / 構成要素: (E15G)-Crp4-1 |
試料状態 | pH: 4 / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Torsion angle dynamics followed by refinement by Cartesian dynamics in explicit water. | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |