PDB-1wmt: Scorpion toxin (IsTX) from Opisthacanthus madagascariensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wmt

タイトル

Scorpion toxin (IsTX) from Opisthacanthus madagascariensis

要素

IsTX

キーワード

TOXIN / neurotoxin / potassium channel blocker / NMR solution structure / alpha-k toxin family / scorpion toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / tarsion angle dynamics, simulated annealing

データ登録者

Yamaji, N. / Dai, L. / Sugase, K. / Andriantsiferana, M. / Nakajima, T. / Iwashita, T.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of IsTX: A male scorpion toxin from Opisthacanthus madagascariensis (Ischnuridae)
著者: Yamaji, N. / Dai, L. / Sugase, K. / Andriantsiferana, M. / Nakajima, T. / Iwashita, T.

履歴

登録	2004年7月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wmt.cif.gz	249.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wmt.ent.gz	206.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/1wmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/1wmt	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2lew-d 2kyj-d 3znf-d 2po8-d 2gw9-d 3odv-2 4lbb-2 1zmm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IsTX

4.84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	IsTX 分子量: 4835.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence of this peptide naturally occurs in Opisthacanthus madagascariensis. 参照: UniProt: P0C194*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1	1H13C HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 4.7mM IsTX / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 3.91 / 圧: atmospheric atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	750	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XPLOR-NIH	2.0.5	構造決定
XPLOR-NIH	2.0.5	精密化

精密化

手法: tarsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: conjugate gradient minimization

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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