PDB-2ley: Solution structure of (R7G)-Crp4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ley

タイトル

Solution structure of (R7G)-Crp4

要素

Alpha-defensin 4

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

disruption of plasma membrane integrity in another organism / transport vesicle / phospholipid binding / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Rosengren, K. / Andersson, H.S. / Haugaard-Kedstrom, L.M. / Bengtsson, E. / Daly, N.L. / Figueredo, S.M. / Qu, X. / Craik, D.J. / Ouellette, A.J.

引用

ジャーナル: Amino Acids / 年: 2012
タイトル: The alpha-defensin salt-bridge induces backbone stability to facilitate folding and confer proteolytic resistance.
著者: Andersson, H.S. / Figueredo, S.M. / Haugaard-Kedstrom, L.M. / Bengtsson, E. / Daly, N.L. / Qu, X. / Craik, D.J. / Ouellette, A.J. / Rosengren, K.J.

履歴

登録	2011年6月26日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ley.cif.gz	200.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ley.ent.gz	167 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ley.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ley_validation.pdf.gz	497.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ley_full_validation.pdf.gz	606.3 KB	表示
XML形式データ	2ley_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	2ley_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/2ley ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/2ley	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lewC 2gw9 2gwp C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zmm-1 1bei-d 1zmm-3 1iju-3 4lbb-2 3e8y-d 3odv-2 2ky3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17733

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Alpha-defensin 4

3.67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-defensin 4 / Defensin-related cryptdin-4 分子量: 3671.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Defa4, Defcr4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28311
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D DQF-COSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1 mg (R7G)-Crp4, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mg/mL / 構成要素: (R7G)-Crp4-1
試料状態	pH: 4 / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE CALCULATED USING TORSION ANGLE DYNAMICS AND FURTHER REFINED USING CARTESIAN DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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