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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iju | ||||||
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タイトル | HUMAN BETA-DEFENSIN-1 | ||||||
![]() | BETA-DEFENSIN 1 | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / DEFENSIN / HUMAN BETA-DEFENSIN-1 / BETA-DEFENSIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / CCR6 chemokine receptor binding / microvesicle / Beta defensins / Defensins / sperm midpiece / innate immune response in mucosa / response to bacterium / calcium-mediated signaling / Golgi lumen ...positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / CCR6 chemokine receptor binding / microvesicle / Beta defensins / Defensins / sperm midpiece / innate immune response in mucosa / response to bacterium / calcium-mediated signaling / Golgi lumen / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hoover, D.M. / Lubkowski, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of human beta-defensin-1: new insights into structural properties of beta-defensins. 著者: Hoover, D.M. / Chertov, O. / Lubkowski, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3940.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN HUMANS (HOMO SAPIENS). 参照: UniProt: P60022 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月4日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 87587 / Num. obs: 26325 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 27.2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 64.1 | |||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Num. measured all: 87587 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: HUMAN BETA-DEFENSIN-1 解像度: 1.4→20 Å / Num. parameters: 6199 / Num. restraintsaints: 5551 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 1040 / Occupancy sum non hydrogen: 1350 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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