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万見
- PDB-2l4c: Solution Structure of the b domain of Human ERp27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4c
タイトルSolution Structure of the b domain of Human ERp27
要素Endoplasmic reticulum resident protein 27
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / ERp27 / PDI / b domain / Endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


response to unfolded protein / response to endoplasmic reticulum stress / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin-like domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoplasmic reticulum resident protein 27
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Amin, N.T. / Wallis, K. / Rowe, M.L. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Williamson, R.A. / Howard, M.J. / Freedman, R.B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure and dynamics of the b domain of human ERp27
著者: Amin, N.T. / Wallis, K. / Rowe, M.L. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Williamson, R.A. / Howard, M.J. / Freedman, R.B.
履歴
登録2010年10月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum resident protein 27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8111
ポリマ－13,8111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum resident protein 27 / ER protein 27 / ERp27


分子量: 13811.459 Da / 分子数: 1 / 断片: B domain (UNP Residues 26-141) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERP27, C12orf46, UNQ781/PRO1575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q96DN0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D HN(COCA)CB
1413D HSQC-TOCSY
1513D (H)CCH-TOCSY
1612D aromatic 1H-13C HSQC
1712D aromatic 13C-edited NOESY
1812D 1H-1H TOCSY
1912D 1H-1H NOESY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1-1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ERp27 b domain, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
25 mMsodium phosphate-11
100 mMsodium chloride-21
mMERp27 b domain-3[U-99% 13C; U-99% 15N]1-1.51
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
CCPN_AnalysisCCPNpeak picking
CCPN_AnalysisCCPNデータ解析
CCPN_AnalysisCCPNchemical shift assignment
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur構造検証
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1939 / NOE intraresidue total count: 296 / NOE long range total count: 206 / NOE medium range total count: 146 / NOE sequential total count: 232 / Hydrogen bond constraints total count: 84 / Protein phi angle constraints total count: 59 / Protein psi angle constraints total count: 58
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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