PDB-2h8l: Crystal structure of the bb' fragment of ERp57

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h8l

タイトル

Crystal structure of the bb' fragment of ERp57

要素

Protein disulfide-isomerase A3

キーワード

ISOMERASE / thioredoxin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Tapasin-ERp57 complex / Calnexin/calreticulin cycle / protein disulfide-isomerase / protein folding in endoplasmic reticulum / disulfide oxidoreductase activity / phospholipase C activity / cellular response to interleukin-7 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein disulfide isomerase activity / lncRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Schrag, J.D. / Cygler, M. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the bb' Domains of the Protein Disulfide Isomerase ERp57.
著者: Kozlov, G. / Maattanen, P. / Schrag, J.D. / Pollock, S. / Cygler, M. / Nagar, B. / Thomas, D.Y. / Gehring, K.

履歴

登録	2006年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h8l.cif.gz	161.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h8l.ent.gz	128.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/2h8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/2h8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1p2f-d 3dav-d 3del-2 5cdw-5 3d73-d 1xlo-d 4q1r-d 1hlc-d 2h56-2 1oqq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein disulfide-isomerase A3

B: Protein disulfide-isomerase A3

C: Protein disulfide-isomerase A3

86.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein disulfide-isomerase A3

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein disulfide-isomerase A3

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein disulfide-isomerase A3

登録者が定義した集合体
28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.340, 62.415, 99.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	134 - 365	6 - 237
2	ALA	ALA	TYR	TYR	B	B	135 - 364	7 - 236
3	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	134 - 365	6 - 237

#1: タンパク質	Protein disulfide-isomerase A3 / Disulfide isomerase ER-60 / ERp60 / 58 kDa microsomal protein / p58 / ERp57 / 58 kDa glucose-regulated protein 分子量: 28818.490 Da / 分子数: 3 / 断片: bb' fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDIA3, ERP60, GRP58 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30101, protein disulfide-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG 3350, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X8C / 波長: 0.9795, 0.9950

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月10日

放射

モノクロメーター: Si (111) double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.995	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 62742 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 14 / Observed criterion σ(I): 2.6

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→32.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 10.012 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25015	3162	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19426	-	-	-
obs	0.19709	59353	99.64 %	-
all	-	59353	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	0 Å²	-0.14 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→32.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5634	0	0	453	6087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	5753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.932	1.943	7721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.741	5	691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.851	24.412	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.156	15	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.248	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	2591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.307	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.268	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.351	1.5	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.697	2	5517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.013	3	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.217	4.5	2204

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1868 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.7	5
2	B	loose positional	0.78	5
3	C	loose positional	0.84	5
1	A	loose thermal	2.51	10
2	B	loose thermal	2.5	10
3	C	loose thermal	2.28	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	250	-
R_work	0.271	4194	-
obs	-	4194	96.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.48	0.9685	1.0294	5.7128	0.6689	2.251	-0.1353	0.361	0.7974	-0.176	0.1003	0.1135	-0.4114	0.0472	0.035	-0.1354	-0.0159	-0.0183	-0.2031	0.0375	0.0108	46.463	36.948	71.165
2	1.9281	0.7922	-0.1752	4.9044	-0.0242	5.2923	-0.0949	0.2326	0.0821	-0.2739	0.1225	-0.0715	0.2359	-0.1883	-0.0276	-0.1121	-0.0755	-0.0097	-0.183	-0.0137	-0.1957	38.11	10.103	66.688
3	3.9265	-0.0296	2.0266	1.4059	-0.1209	4.913	-0.1552	-0.4377	0.0842	0.2309	0.2219	-0.1783	0.0839	-0.45	-0.0667	-0.0243	0.0253	0.031	-0.1058	-0.0504	-0.2495	36.86	-0.687	91.24
4	6.6958	-2.5209	0.3095	4.2253	1.3419	3.3252	-0.0537	-0.9258	-0.4086	0.3684	0.3136	0.938	-0.2497	-0.8453	-0.2599	-0.038	-0.0687	0.1343	0.3876	0.1889	0.0586	10.482	-6.784	82.094
5	5.7768	1.9802	-3.813	1.82	-0.7384	5.4653	0.0794	0.1571	-0.4137	-0.0957	-0.0957	-0.1756	0.1012	0.0432	0.0163	-0.1678	-0.0232	-0.0341	-0.0453	0.0064	-0.0299	13.675	36.806	62.452
6	6.1676	1.1769	2.4424	2.6848	-1.4116	4.7182	0.1756	0.2796	-0.7437	-0.018	-0.0359	0.0252	0.2833	0.4112	-0.1397	-0.1581	-0.0113	0.0259	-0.1312	-0.0376	-0.0116	-7.052	24.334	78.653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	134 - 245	6 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	246 - 365	118 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	135 - 245	7 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	246 - 364	118 - 236
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	134 - 245	6 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	246 - 365	118 - 237

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