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万見
- PDB-2l27: NMR Structure of the ECD1 of CRF-R1 in complex with a peptide agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l27
タイトルNMR Structure of the ECD1 of CRF-R1 in complex with a peptide agonist
要素
  • Corticotropin-releasing factor receptor 1
  • peptide agonist
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Peptide binding protein / CRF / ECD1 / Agonist / Family B1 / Alpha helical CRF
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of adenylate cyclase activity involved in G protein-coupled receptor signaling pathway / corticotropin-releasing hormone binding / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor activity / corticotropin secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / parturition / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity ...regulation of adenylate cyclase activity involved in G protein-coupled receptor signaling pathway / corticotropin-releasing hormone binding / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor activity / corticotropin secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / parturition / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / behavioral response to ethanol / fear response / G protein-coupled peptide receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / exploration behavior / adrenal gland development / activation of adenylate cyclase activity / female pregnancy / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / endosome / neuron projection / immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Corticotropin-releasing factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Grace, C.R.R. / Perrin, M.H. / Gulyas, J.R.R. / Rivier, J.E. / Vale, W.W. / Riek, R.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: NMR structure of the first extracellular domain of corticotropin-releasing factor receptor 1 (ECD1-CRF-R1) complexed with a high affinity agonist.
著者: Grace, C.R. / Perrin, M.H. / Gulyas, J. / Rivier, J.E. / Vale, W.W. / Riek, R.
履歴
登録2010年8月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年3月1日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticotropin-releasing factor receptor 1
B: peptide agonist


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5602
ポリマ－13,5602
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Corticotropin-releasing factor receptor 1 / CRF-R-1 / CRF-R1 / CRFR-1 / Corticotropin-releasing hormone receptor 1 / CRH-R-1 / CRH-R1


分子量: 9278.299 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRHR1, CRFR, CRFR1, CRHR / プラスミド: pET-32a(+)(Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34998
#2: タンパク質・ペプチド peptide agonist


分子量: 4281.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCA
1213D HN(CA)CB
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY
1513D (H)CCH-COSY
1623D HNCA
1723D HN(CA)CB
1823D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11023D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ECD1-CRF-R1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Alpha Helical CRF, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMECD1-CRF-R1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.4 mMAlpha Helical CRF-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.3 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker INOVA / 製造業者: Bruker / モデル: INOVA / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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