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- PDB-6gqn: Cell division regulator, S. pneumoniae GpsB, in complex with pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gqn
タイトルCell division regulator, S. pneumoniae GpsB, in complex with peptide fragment of Penicillin Binding Protein PBP2a
要素
  • Cell cycle protein GpsB
  • SpPBP2a
キーワードCELL CYCLE / Bacterial cell division regulator / peptidoglycan synthesis regulator / penicillin binding protein interaction partner / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell cycle protein GpsB / DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Cell cycle protein GpsB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lewis, R.J. / Rutter, Z.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M001180/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The cell cycle regulator GpsB functions as cytosolic adaptor for multiple cell wall enzymes.
著者: Cleverley, R.M. / Rutter, Z.J. / Rismondo, J. / Corona, F. / Tsui, H.T. / Alatawi, F.A. / Daniel, R.A. / Halbedel, S. / Massidda, O. / Winkler, M.E. / Lewis, R.J.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell cycle protein GpsB
B: Cell cycle protein GpsB
C: SpPBP2a
G: SpPBP2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,55311
ポリマ－17,9184
非ポリマー6357
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.084, 26.373, 65.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-204-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cell cycle protein GpsB / Guiding PBP1-shuttling protein


分子量: 7253.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: gpsB, spr0332 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DR57
#2: タンパク質・ペプチド SpPBP2a


分子量: 1706.048 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris.HCl pH 8.5, 0.2M lithium sulphate, 40% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.85 Å / Num. obs: 13052 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.976 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 763 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.269 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GQA

6gqa


解像度: 1.8→39.846 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 657 5.05 %
Rwork0.1783 --
obs0.1808 13007 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.846 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 31 87 1337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3931675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.589761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009210
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.9390.29181270.24582410X-RAY DIFFRACTION99
1.939-2.13410.22691310.18092448X-RAY DIFFRACTION99
2.1341-2.44290.23891250.17062474X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-3.07760.19741270.18442465X-RAY DIFFRACTION100
3.0776-39.85580.22111470.16382553X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2346.4063.01948.83581.41615.3493-0.1607-0.43780.2188-0.0691-0.11990.1439-0.4072-0.48460.21860.15540.05640.01010.1114-0.01430.1346-11.6037-2.203921.7839
27.07120.77273.30337.6143.20883.75680.0870.41950.3523-0.2794-0.05980.5539-0.0338-0.96760.11420.1481-0.0257-0.00190.32820.04310.1776-22.3481-5.75277.5476
38.42591.48747.3740.40961.25937.05780.064-0.2946-0.050.074-0.0414-0.06190.0579-0.296-0.02530.1320.00080.01150.06520.00930.1274-0.8916-8.784627.0479
43.9995-2.08573.88364.0344-3.18885.2010.23130.3324-0.252-0.25330.00790.20750.31560.2936-0.14780.1174-0.00560.0240.1067-0.02130.1219-3.3731-12.659211.5228
55.9185-0.45733.06943.0570.03053.12790.2190.77270.0613-0.2623-0.18630.15710.4351-0.2532-0.1120.1844-0.0073-0.03650.2871-0.01220.1543-20.0169-10.17234.1198
68.4795-1.45716.53110.468-1.09236.1823-0.20750.26870.31790.0978-0.0117-0.1191-0.26720.17340.17710.1522-0.01510.01240.04320.01040.13253.6295-5.717320.3373
78.1119-5.67722.0925.01050.30434.1963-0.17360.10360.7741-0.16240.1461-0.4309-0.4410.2940.0410.16280.00030.03650.29850.00830.2024-5.0494-1.43542.2018
85.38032.6391-5.70582.3355-1.14058.70950.12130.4275-0.2164-0.384-0.0764-0.14740.3603-0.38970.08080.26840.08350.05880.3591-0.03010.1299-6.101-7.1093-3.273
92.971-3.04711.91296.7692-5.91395.51930.82430.2524-0.5341-0.193-0.28520.14080.09650.3786-0.57710.4359-0.0545-0.18360.36310.07320.6114-17.7339-13.449428.0184
105.31935.0172-3.30044.9877-2.8142.4836-0.4196-0.4479-0.9888-0.4244-0.16170.00740.46380.36590.56480.24050.06110.07320.29710.06130.3151-26.7335-11.729420.0439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 13 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 24 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 63 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 13 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 14 through 24 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 25 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 27 through 35 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 36 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 28 through 32 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 33 through 40 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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