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- PDB-6gpz: Cell division regulator GpsB in complex with peptide fragment of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gpz
タイトルCell division regulator GpsB in complex with peptide fragment of L. monocytogenes Penicillin Binding Protein PBPA1
要素
  • Cell cycle protein GpsB
  • LmPBPA1
キーワードCELL CYCLE / Bacterial cell division regulator / peptidoglycan synthesis regulator / penicillin binding protein interaction partner / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell cycle protein GpsB / DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Cell cycle protein GpsB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cleverley, R.M. / Lewis, R.J. / Rutter, Z.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M001180/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The cell cycle regulator GpsB functions as cytosolic adaptor for multiple cell wall enzymes.
著者: Cleverley, R.M. / Rutter, Z.J. / Rismondo, J. / Corona, F. / Tsui, H.T. / Alatawi, F.A. / Daniel, R.A. / Halbedel, S. / Massidda, O. / Winkler, M.E. / Lewis, R.J.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cell cycle protein GpsB
A: Cell cycle protein GpsB
E: LmPBPA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,66912
ポリマ－17,0763
非ポリマー5929
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Interaction of LmPBPA1 to GpsB confirmed by fluorescence polarisation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.577, 31.415, 81.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cell cycle protein GpsB / Guiding PBP1-shuttling protein


分子量: 7610.618 Da / 分子数: 2 / 変異: K32E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
遺伝子: gpsB, ypsB, BSU22180 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CI74
#2: タンパク質・ペプチド LmPBPA1


分子量: 1855.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M imidazole pH 8, 0.2M zinc acetate, 20% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→31.42 Å / Num. obs: 17944 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 902 / CC1/2: 0.743 / Rpim(I) all: 0.386 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GP7

6gp7


解像度: 1.6→29.288 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 835 4.66 %
Rwork0.1732 --
obs0.1747 17912 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1006 0 13 106 1125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3721368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.798620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.70030.25741380.22262813X-RAY DIFFRACTION99
1.7003-1.83150.22261200.19652831X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-2.01580.21641370.16872820X-RAY DIFFRACTION100
2.0158-2.30740.20511270.15162853X-RAY DIFFRACTION100
2.3074-2.90670.18241610.1792845X-RAY DIFFRACTION100
2.9067-29.29260.20321520.16952915X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.06070.7679-3.42242.2273-2.7225.5730.18560.40380.0416-0.272-0.1469-0.12170.22730.1645-0.15170.2807-0.0173-0.01720.1997-0.05270.143911.2246-3.352217.8819
25.12390.1995.14117.2375-1.15155.4018-0.01340.0205-0.0544-0.17670.02030.04550.02410.1992-0.05890.128-0.00550.01450.03750.010.10848.7864-11.894637.5422
32.19711.6375-2.8893.7888-4.54367.1939-0.13320.48810.0446-0.38920.26310.04030.2587-0.4854-0.15080.2019-0.038-0.01940.2159-0.01450.12814.55782.239914.8097
42.0877-0.2142-0.12251.5774-0.29252.03720.00880.20440.1237-0.19680.03620.2585-0.1811-0.1339-0.04380.17320.0034-0.0240.09950.00780.12973.75210.037432.5442
51.0394-1.08881.03056.5142-7.03968.3335-0.0330.3930.1586-0.2426-0.3113-0.3345-0.00810.30560.35130.2246-0.0181-0.00130.19950.03490.147411.09697.809817.2553
68.38895.47632.3273.89920.73392.56180.7335-0.8862-1.4868-0.5825-0.43491.23480.9092-1.351-0.38060.2716-0.0554-0.11930.3044-0.0350.40340.1726-11.052226.2501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid -2 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 16 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 27 through 63 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 5 through 26 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 27 through 64 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 7 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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