[日本語] English
万見
- PDB-2kx7: Solution structure of the E.coli RcsD-ABL domain (residues 688-795) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kx7
タイトルSolution structure of the E.coli RcsD-ABL domain (residues 688-795)
要素Sensor-like histidine kinase yojN
キーワードPROTEIN BINDING / alpha-beta-loop (ABL) domain / phosphotransfer / rcs regulation / RcsD / two-component system
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; カルボキシル基に移すもの / phosphotransferase activity, carboxyl group as acceptor / histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase RcsD, RcsD-ABL domain / Phosphotransferase RcsD / Phosphotransferase RcsD, RcsD-ABL domain / Phosphotransferase RcsD, RcsD-ABL domain superfamily / RcsD-ABL domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Histidine kinase domain ...Phosphotransferase RcsD, RcsD-ABL domain / Phosphotransferase RcsD / Phosphotransferase RcsD, RcsD-ABL domain / Phosphotransferase RcsD, RcsD-ABL domain superfamily / RcsD-ABL domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphotransferase RcsD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rogov, V.V. / Schmoee, K. / Rogova, N.Y. / Loehr, F. / Bernhard, F. / Doetsch, V.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Insights into Rcs Phosphotransfer: The Newly Identified RcsD-ABL Domain Enhances Interaction with the Response Regulator RcsB.
著者: Schmoe, K. / Rogov, V.V. / Rogova, N.Y. / Lohr, F. / Guntert, P. / Bernhard, F. / Dotsch, V.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor-like histidine kinase yojN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1691
ポリマ－13,1691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Sensor-like histidine kinase yojN / Phosphotransfer intermediate yojN


分子量: 13168.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2216, JW2204, yojN, yojP, yojQ / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39838, histidine kinase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D HNCO
1423D HN(CO)CA
1523D (H)CCH-TOCSY
1613D 1H-15N TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1823D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
133 mM TRIS, 125 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
233 mM TRIS, 125 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
33 mMTRIS1
125 mMsodium chloride1
1 mMTCEP1
33 mMTRIS2
125 mMsodium chloride2
1 mMTCEP2
試料状態イオン強度: 0.125 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1-2Bruker Biospincollection
TopSpin1-2Bruker Biospin解析
TopSpin1-2Bruker Biospinデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Energy minimization in presence of H2O molecules in CNS/Aria
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る