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万見
- PDB-2ksn: Solution Structure of the N-terminal Domain of DC-UbP/UBTD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ksn
タイトルSolution Structure of the N-terminal Domain of DC-UbP/UBTD2
要素Ubiquitin domain-containing protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / UBTD2 / DC-UbP / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


Ub domain-containing protein, DC-UbP/UBTD2, N-terminal domain / DC-UbP/UBTD2, N-terminal domain / DC-UbP/UBTD2, N-terminal domain superfamily / Ubiquitin domain-containing protein 1/2 / Ubiquitin-binding domain / Bacteriocin As-48; Chain A / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily ...Ub domain-containing protein, DC-UbP/UBTD2, N-terminal domain / DC-UbP/UBTD2, N-terminal domain / DC-UbP/UBTD2, N-terminal domain superfamily / Ubiquitin domain-containing protein 1/2 / Ubiquitin-binding domain / Bacteriocin As-48; Chain A / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Song, A. / Zhou, C. / Guan, X. / Sze, K. / Hu, H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the N-terminal domain of DC-UbP/UBTD2 and its interaction with ubiquitin
著者: Song, A. / Zhou, C. / Guan, X. / Sze, K. / Hu, H.
履歴
登録2010年1月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5931
ポリマ－15,5931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin domain-containing protein 2 / Dendritic cell-derived ubiquitin-like protein / DC-UbP / Ubiquitin-like protein SB72


分子量: 15593.356 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBTD2, DCUBP, SB72 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WUN7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNHA
1313D 1H-15N NOESY
1423D CBCA(CO)NH
1523D HN(CA)CB
1623D C(CO)NH
1723D HNCO
1823D (H)CCH-TOCSY
1923D (H)CCH-COSY
11023D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM [U-100% 15N] protein-1, 20mM sodium phosphate-2, 100mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-4, 20mM sodium phosphate-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity-1[U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
1 mMentity-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-52
100 mMsodium chloride-62
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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