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- PDB-2kmf: Solution Structure of Psb27 from cyanobacterial photosystem II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kmf
タイトルSolution Structure of Psb27 from cyanobacterial photosystem II
要素Photosystem II 11 kDa protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Psb27 / photosystem II / helical bundle / cyanobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II repair / plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / thylakoid lumen / photosystem II assembly / plasma membrane-derived thylakoid membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Psb27, cyanobacteria / Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Pbs27 superfamily / Photosystem II Pbs27 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II lipoprotein Psb27
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Mabbitt, P.D. / Rautureau, G.J.P. / Day, C.L. / Wilbanks, S.M. / Eaton-Rye, J.J. / Hinds, M.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Solution structure of Psb27 from cyanobacterial photosystem II
著者: Mabbitt, P.D. / Rautureau, G.J. / Day, C.L. / Wilbanks, S.M. / Eaton-Rye, J.J. / Hinds, M.G.
履歴
登録2009年7月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II 11 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6451
ポリマ－12,6451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Photosystem II 11 kDa protein


分子量: 12645.056 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: psb27 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P74367

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Solution structure of Psb27
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-13C HSQC
1433D HNCA
1533D HN(CA)CB
1633D HNCO
1733D HCACO
1833D (H)CCH-TOCSY
1933D 1H-15N NOESY
11033D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM Psb27-1, 5% D2O-2, 95% H2O-3, 20mM sodium phosphate-4, 50mM sodium chloride-5, 5mM TCEP-6, 1mM sodium azide-7, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5mM [U-100% 15N] Psb27-8, 5% D2O-9, 95% H2O-10, 20mM sodium phosphate-11, 50mM sodium chloride-12, 5mM TCEP-13, 1mM sodium azide-14, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Psb27-15, 5% D2O-16, 95% H2O-17, 20mM sodium phosphate-18, 50mM sodium chloride-19, 5mM TCEP-20, 1mM sodium azide-21, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMPsb27-11
5 mMD2O-21
95 mMH2O-31
20 mMsodium phosphate-41
50 mMsodium chloride-51
5 mMTCEP-61
1 mMsodium azide-71
0.5 mMPsb27-8[U-100% 15N]2
5 mMD2O-92
95 mMH2O-102
20 mMsodium phosphate-112
50 mMsodium chloride-122
5 mMTCEP-132
1 mMsodium azide-142
0.5 mMPsb27-15[U-100% 13C; U-100% 15N]3
5 mMD2O-163
95 mMH2O-173
20 mMsodium phosphate-183
50 mMsodium chloride-193
5 mMTCEP-203
1 mMsodium azide-213
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
XEASY3.13Bartels et al.データ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler, Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.22Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2802 / NOE intraresidue total count: 516 / NOE long range total count: 771 / NOE medium range total count: 909 / NOE sequential total count: 606 / Hydrogen bond constraints total count: 57
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.3 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0018 Å / Distance rms dev error: 0.0001 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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