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- PDB-6cnq: MBD2 in complex with methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cnq
タイトルMBD2 in complex with methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / dna methylation / dna binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development ...satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / siRNA binding / maternal behavior / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development / response to mechanical stimulus / heterochromatin / RNA Polymerase I Promoter Opening / response to nutrient levels / NoRC negatively regulates rRNA expression / Wnt signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / molecular adaptor activity / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. ...Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Liu, K. / Xu, C. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the ability of MBD domains to bind methyl-CG and TG sites in DNA.
著者: Liu, K. / Xu, C. / Lei, M. / Yang, A. / Loppnau, P. / Hughes, T.R. / Min, J.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年3月28日ID: 6C2E
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 2
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,29210
ポリマ－32,2926
非ポリマー04
水52229
1
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
D: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1463
ポリマ－16,1463
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7340 Å2
手法PISA
2
B: Methyl-CpG-binding domain protein 2
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1467
ポリマ－16,1463
非ポリマー04
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.500, 40.500, 202.896
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 2 / Demethylase / DMTase / Methyl-CpG-binding protein MBD2


分子量: 8791.171 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 143-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9UBB5
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*(5CM)P*GP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG-3350, 0.2M ammonium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40.58 Å / Num. obs: 20266 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 114295 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.15-2.225.80.86417320.7710.3970.951100
8.87-40.5850.0240.9980.0120.02791

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: earlier version of PDB entry 6C2K, unpublished DNA model

6c2k
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.151→24.344 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.05
詳細: arp/warp was used in map improvement mode. refmac was used at intermediate stages of refinement. coot was used for interactive model building. Model geometry was assessed on the molprobity server.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 1398 3.47 %thin shells (sftools)
Rwork0.2057 ---
obs0.2065 40238 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 123.47 Å2 / Biso mean: 63.028 Å2 / Biso min: 35.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.151→24.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1039 976 4 29 2048
Biso mean--55.88 50.34 -
残基数----184
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1508-2.22760.3282720.329437504022100
2.2276-2.3168100000000.31344028100
2.3168-2.42210.28412320.294538604092100
2.4221-2.5497100000000.2874078100
2.5497-2.70920.33482000.285938484048100
2.7092-2.91810.39461960.30338304026100
2.9181-3.21120.32021400.275238333973100
3.2112-3.67450.2943840.20733934401898
3.6745-4.62420.1541400.16238433983100
4.6242-24.34570.131340.13523836397098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54510.49960.58911.0680.73241.95030.1123-0.0709-0.248-0.02340.0610.28260.4679-0.8633-0.01190.86840.0297-0.01820.56760.05120.447834.75720.5638-4.7351
21.01410.49450.66680.75280.97212.58160.1626-0.2655-0.63750.4777-0.33030.23120.6695-1.0871-0.07340.73720.0614-0.03940.79260.03280.575728.392510.409-30.4128
31.0429-0.27020.58930.10310.01080.73030.33730.54930.2508-0.1771-0.6659-0.63120.15790.3782-0.00350.97530.0594-0.00930.53010.06290.642148.668826.05761.0116
40.2450.2302-0.18920.2651-0.07850.5506-0.28610.30570.15181.1158-0.1247-0.5344-0.07960.2199-0.00680.97520.0591-0.07110.58720.02850.660948.478426.07991.898
50.84620.88190.39141.5871-0.06390.94640.96540.87090.5999-0.2882-1.4686-0.4951-0.20760.1737-0.89650.73610.5868-0.01550.64290.01970.732639.572819.7541-37.5497
60.9480.50770.05030.2658-0.28471.5297-0.487-0.01440.16051.05870.1951-0.481-0.1932-0.0521-0.36450.70190.328-0.12870.51470.01860.625739.70820.2761-35.9768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA148 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB148 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE1 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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