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- PDB-2kg4: Three-dimensional structure of human Gadd45alpha in solution by NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kg4
タイトルThree-dimensional structure of human Gadd45alpha in solution by NMR
要素Growth arrest and DNA-damage-inducible protein GADD45 alpha
キーワードCELL CYCLE / gadd45 / growth arrest / DNA damage / flexible regions / monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / regulation of cell cycle => GO:0051726 / : / regulation of cell cycle => GO:0051726 / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / : / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / centrosome cycle / positive regulation of p38MAPK cascade / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity ...negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / regulation of cell cycle => GO:0051726 / : / regulation of cell cycle => GO:0051726 / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / : / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / centrosome cycle / positive regulation of p38MAPK cascade / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / signal transduction in response to DNA damage / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / negative regulation of angiogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / cellular response to ionizing radiation / promoter-specific chromatin binding / positive regulation of JNK cascade / kinase binding / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of cell cycle / nuclear speck / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA repair / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Growth arrest and DNA damage-inducible protein GADD45 / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth arrest and DNA damage-inducible protein GADD45 alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Sanchez, R. / Pantoja-Uceda, D. / Prieto, J. / Diercks, T. / Campos-Olivas, R. / Blanco, F.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of human growth arrest and DNA damage 45alpha (Gadd45alpha) and its interactions with proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and Aurora A kinase
著者: Sanchez, R. / Pantoja-Uceda, D. / Prieto, J. / Diercks, T. / Marcaida, M.J. / Montoya, G. / Campos-Olivas, R. / Blanco, F.J.
履歴
登録2009年3月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月1日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth arrest and DNA-damage-inducible protein GADD45 alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3521
ポリマ－18,3521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Growth arrest and DNA-damage-inducible protein GADD45 alpha / gadd45a / DNA-damage-inducible transcript 1 / DDIT-1


分子量: 18351.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GADD45A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (BL21)DE3 / 参照: UniProt: P24522

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HMQC-aliphatic
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CO)CA
1823D HNHA
1923D 1H-15N NOESY
11032D 1H-1H NOESY
11142D 1H-15N HSQC
11252D 1H-15N HSQC
11362D 1H-15N HSQC
11472D 1H-15N HSQC
11512D 1H-13C HMQC-aromatic
11614D 1H-15N 1H-13C NOESY
11722D 1H-15N HSQC-TROSY
11882D 1H-15N HSQC-TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.45mM [U-99% 13C; U-99% 15N] gadd45a-1, 20mM sodium phosphate-2, 100mM potassium chloride-3, 2mM DTT-4, 2mM EDTA-5, 0.03% sodium azide-6, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.45mM [U-99% 15N] gadd45a-7, 20mM sodium phosphate-8, 100mM potassium chloride-9, 2mM DTT-10, 2mM EDTA-11, 0.03% sodium azide-12, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.195mM gadd45a-13, 20mM sodium phosphate-14, 100mM potassium chloride-15, 2mM DTT-16, 2mM EDTA-17, 0.03% sodium azide-18, 100% D2O100% D2O
40.45mM [U-15N]-Leu gadd45a-19, 20mM sodium phosphate-20, 100mM potassium chloride-21, 2mM DTT-22, 2mM EDTA-23, 0.03% sodium azide-24, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
50.45mM [U-15N]-Val gadd45a-25, 20mM sodium phosphate-26, 100mM potassium chloride-27, 2mM DTT-28, 2mM EDTA-29, 0.03% sodium azide-30, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
60.45mM [U-15N]-Ile gadd45a-31, 20mM sodium phosphate-32, 100mM potassium chloride-33, 2mM DTT-34, 2mM EDTA-35, 0.03% sodium azide-36, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
70.45mM [U-15N]-Phe/Tyr gadd45a-37, 20mM sodium phosphate-38, 100mM potassium chloride-39, 2mM DTT-40, 2mM EDTA-41, 0.03% sodium azide-42, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
80.45mM [U-99% 15N] gadd45a-43, 20mM sodium phosphate-44, 100mM potassium chloride-45, 2mM DTT-46, 2mM EDTA-47, 0.03% sodium azide-48, 10 mg/mL Pf1 phage-49, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.45 mMgadd45a-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
100 mMpotassium chloride-31
2 mMDTT-41
2 mMEDTA-51
0.03 %sodium azide-61
0.45 mMgadd45a-7[U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate-82
100 mMpotassium chloride-92
2 mMDTT-102
2 mMEDTA-112
0.03 %sodium azide-122
0.195 mMgadd45a-133
20 mMsodium phosphate-143
100 mMpotassium chloride-153
2 mMDTT-163
2 mMEDTA-173
0.03 %sodium azide-183
0.45 mMgadd45a-19[U-15N]-Leu4
20 mMsodium phosphate-204
100 mMpotassium chloride-214
2 mMDTT-224
2 mMEDTA-234
0.03 %sodium azide-244
0.45 mMgadd45a-25[U-15N]-Val5
20 mMsodium phosphate-265
100 mMpotassium chloride-275
2 mMDTT-285
2 mMEDTA-295
0.03 %sodium azide-305
0.45 mMgadd45a-31[U-15N]-Ile6
20 mMsodium phosphate-326
100 mMpotassium chloride-336
2 mMDTT-346
2 mMEDTA-356
0.03 %sodium azide-366
0.45 mMgadd45a-37[U-15N]-Phe/Tyr7
20 mMsodium phosphate-387
100 mMpotassium chloride-397
2 mMDTT-407
2 mMEDTA-417
0.03 %sodium azide-427
0.45 mMgadd45a-43[U-99% 15N]8
20 mMsodium phosphate-448
100 mMpotassium chloride-458
2 mMDTT-468
2 mMEDTA-478
0.03 %sodium azide-488
10 mg/mLPf1 phage-498
試料状態イオン強度: 0.27 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II8002
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1.02Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
NMRDraw2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospinデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: AMBER 9 explicit water using Gibbs-Boltzman method
NMR constraintsNOE constraints total: 1234 / NOE intraresidue total count: 221 / NOE long range total count: 245 / NOE medium range total count: 438 / NOE sequential total count: 330 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 96 / Protein psi angle constraints total count: 99
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.43 Å / 代表コンフォーマー: 1 / Torsion angle constraint violation method: CYANA
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.94 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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