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万見
- PDB-2kfd: Prp40 FF4 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kfd
タイトルPrp40 FF4 domain
要素Pre-mRNA-processing protein PRP40
キーワードNUCLEAR PROTEIN / FF domain / Prp40 / Saccharomyces cerevisiae / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Phosphoprotein / Ribonucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


commitment complex / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
FF domain / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily ...FF domain / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-processing protein PRP40
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bonet, R. / Ruiz, L. / Morales, B. / Macias, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Solution structure of the fourth FF domain of yeast Prp40 splicing factor.
著者: Bonet, R. / Ruiz, L. / Morales, B. / Macias, M.J.
履歴
登録2009年2月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing protein PRP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2161
ポリマ－8,2161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein PRP40


分子量: 8216.300 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 488-552 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRP40, YKL012W, YKL165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33203

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CB
1523D H(CCO)NH
1623D (H)CCH-TOCSY
1723D 1H-15N NOESY
1823D 1H-13C NOESY
1922D 1H-15N HSQC
11022D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM yeast Prp40 FF4 domain-1, 20 mM sodium phosphate-2, 130 mM sodium chloride-3, 0.5 mM sodium azide-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 15N] yeast Prp40 FF4 domain-5, 0.5 mM [U-100% 13C] yeast Prp40 FF4 domain-6, 20 mM sodium phosphate-7, 130 mM sodium chloride-8, 0.5 mM sodium azide-9, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMyeast Prp40 FF4 domain-11
20 mMsodium phosphate-21
130 mMsodium chloride-31
0.5 mMsodium azide-41
0.5 mMyeast Prp40 FF4 domain-5[U-100% 15N]2
0.5 mMyeast Prp40 FF4 domain-6[U-100% 13C]2
20 mMsodium phosphate-72
130 mMsodium chloride-82
0.5 mMsodium azide-92
試料状態イオン強度: 150 / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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