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万見
- PDB-2ke8: NMR solution structure of metal-modified DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ke8
タイトルNMR solution structure of metal-modified DNA
要素DNA (5'-D(*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*(D33)P*(D33)P*(D33)P*AP*AP*AP*TP*TP*AP*A)-3')
キーワードDNA / artificial nucleobase / imidazole nucleoside / Ag+
機能・相同性SILVER ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Johannsen, S. / Duepre, N. / Boehme, D. / Mueller, J. / Sigel, R.K.O.
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of a DNA double helix with consecutive metal-mediated base pairs.
著者: Johannsen, S. / Megger, N. / Bohme, D. / Sigel, R.K. / Muller, J.
履歴
登録2009年1月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*(D33)P*(D33)P*(D33)P*AP*AP*AP*TP*TP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*(D33)P*(D33)P*(D33)P*AP*AP*AP*TP*TP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3545
ポリマ－10,0312
非ポリマー3243
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*(D33)P*(D33)P*(D33)P*AP*AP*AP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量: 5015.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-13C HSQC
1412D 1H-15N HSQC
1511D 31P
2622D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3-0.5 mM DNA (34-MER)-1, 120 mM sodium perchlorate-2, 0.9-1.5 mM SILVER ION-3, 100% D2O100% D2O
20.3-0.5 mM DNA (34-MER)-4, 120 mM sodium perchlorate-5, 0.9-1.5 mM SILVER ION-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Conc. range (mg/ml)Solution-ID
mMDNA (34-MER)-10.3-0.51
120 mMsodium perchlorate-21
mMSILVER ION-30.9-1.51
mMDNA (34-MER)-40.3-0.52
120 mMsodium perchlorate-52
mMSILVER ION-60.9-1.52
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.127.2ambient 298 K
20.127.2ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AV 2BrukerAV 24002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3, 2.0, 2.1Bruker Biospin解析
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
Sparky3.1Goddardデータ解析
Sparky3.1Goddardpeak picking
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.15Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.15Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 848 / NOE intraresidue total count: 366 / NOE long range total count: 15 / NOE medium range total count: 25 / NOE sequential total count: 442
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.2 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 1.06 Å / Distance rms dev error: 0.34 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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