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万見
- PDB-2k85: p190-A RhoGAP FF1 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k85
タイトルp190-A RhoGAP FF1 domain
要素Glucocorticoid receptor DNA-binding factor 1
キーワードPROTEIN BINDING / FF domain / p190-A RhoGAP / protein phosphorylation / Alternative splicing / Anti-oncogene / Cell cycle / Cytoplasm / DNA-binding / GTPase activation / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


central nervous system neuron axonogenesis / neuron projection guidance / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / regulation of actin polymerization or depolymerization / positive regulation of cilium assembly / mammary gland development / camera-type eye development / RHOD GTPase cycle / negative regulation of vascular permeability / axonal fasciculation ...central nervous system neuron axonogenesis / neuron projection guidance / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / regulation of actin polymerization or depolymerization / positive regulation of cilium assembly / mammary gland development / camera-type eye development / RHOD GTPase cycle / negative regulation of vascular permeability / axonal fasciculation / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / wound healing, spreading of cells / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / regulation of axonogenesis / RHOB GTPase cycle / regulation of cell size / negative regulation of Rho protein signal transduction / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RAC3 GTPase cycle / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / forebrain development / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / axon guidance / regulation of actin cytoskeleton organization / neural tube closure / positive regulation of neuron projection development / phospholipid binding / cell migration / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / ciliary basal body / GTPase activity / GTP binding / DNA binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rho GTPase-activating protein 35-like, FF domain / Rho GTPase-activating protein, FF domain / Rho GTPase-activating protein, pG2 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 and pG2 domain / : / p190-A and -B Rho GAPs FF domain / p190RhoGAP, pG1 and pG2 domains / pG1 pseudoGTPase domain profile. / pG2 pseudoGTPase domain profile. ...Rho GTPase-activating protein 35-like, FF domain / Rho GTPase-activating protein, FF domain / Rho GTPase-activating protein, pG2 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 domain / Rho GTPase-activating protein, pG1 and pG2 domain / : / p190-A and -B Rho GAPs FF domain / p190RhoGAP, pG1 and pG2 domains / pG1 pseudoGTPase domain profile. / pG2 pseudoGTPase domain profile. / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Small GTPase / Ras family / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho GTPase-activating protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bonet, R. / Ruiz, L. / Martin-Malpartida, P. / Macias, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: NMR structural studies on human p190-A RhoGAPFF1 revealed that domain phosphorylation by the PDGF-receptor alpha requires its previous unfolding.
著者: Bonet, R. / Ruiz, L. / Aragon, E. / Martin-Malpartida, P. / Macias, M.J.
履歴
登録2008年9月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor DNA-binding factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1731
ポリマ－8,1731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor DNA-binding factor 1 / Glucocorticoid receptor repression factor 1 / GRF-1 / Rho GAP p190A / p190-A


分子量: 8173.325 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 267-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: contains a His-tag, a thioredoxin fusion protein and a TEV cleavage-site
遺伝子: GRLF1, GRF1, KIAA1722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9NRY4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: p190-A RhoGAP FF1 domain from homo sapiens
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CB
1523D 1H-15N NOESY
1623D HNHA
1733D (H)CCH-TOCSY
1833D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM p190-A RhoGAP FF1 domain, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p190-A RhoGAP FF1 domain, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p190-A RhoGAP FF1 domain, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.5 mM sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMp190-A RhoGAP FF1 domain1
50 mMsodium phosphate1
150 mMsodium chloride1
0.5 mMsodium azide1
0.5 mMp190-A RhoGAP FF1 domain[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium phosphate2
150 mMsodium chloride2
0.5 mMsodium azide2
0.5 mMp190-A RhoGAP FF1 domain[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 mMsodium phosphate3
150 mMsodium chloride3
0.5 mMsodium azide3
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIABrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIABrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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