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- PDB-2jsh: obestatin NMR structure in SDS/DPC micellar solution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jsh
タイトルobestatin NMR structure in SDS/DPC micellar solution
要素Appetite-regulating hormone, Obestatin
キーワードHORMONE / Obestatin / micellar solution / DPC / SDS / Alternative splicing / Amidation / Lipoprotein / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of response to food / ghrelin receptor binding / negative regulation of locomotion / growth hormone-releasing hormone activity / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of response to food / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of cortisol secretion / positive regulation of corticotropin secretion ...positive regulation of response to food / ghrelin receptor binding / negative regulation of locomotion / growth hormone-releasing hormone activity / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of response to food / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of cortisol secretion / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of appetite / neuronal dense core vesicle lumen / G alpha (q) signalling events / adult feeding behavior / positive regulation of growth hormone secretion / actin polymerization or depolymerization / positive regulation of synapse assembly / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of endothelial cell proliferation / dendrite development / negative regulation of interleukin-6 production / energy homeostasis / decidualization / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / response to hormone / synapse assembly / excitatory postsynaptic potential / negative regulation of insulin secretion / hormone activity / visual learning / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / axon / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Preproghrelin peptide / Motilin/ghrelin-associated peptide / Motilin/ghrelin / Motilin/ghrelin-associated peptide / Motilin/ghrelin
類似検索 - ドメイン・相同性
Appetite-regulating hormone
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者D'Ursi, A.M. / Scrima, M. / Esposito, C. / Campiglia, P.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Obestatin conformational features: a strategy to unveil obestatin's biological role?
著者: Scrima, M. / Campiglia, P. / Esposito, C. / Gomez-Monterrey, I. / Novellino, E. / D'Ursi, A.M.
履歴
登録2007年7月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Appetite-regulating hormone, Obestatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5191
ポリマ－2,5191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)28 / 50target function
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Appetite-regulating hormone, Obestatin / Growth hormone secretagogue / Growth hormone-releasing peptide / Motilin-related peptide / Protein ...Growth hormone secretagogue / Growth hormone-releasing peptide / Motilin-related peptide / Protein M46 / Ghrelin


分子量: 2518.827 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 76-98 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptides were chemical synthesized / 参照: UniProt: Q9EQX0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 2.7 mM [U-100% 2H] SDS, 27 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.7 mMSDS[U-100% 2H]1
27 mMDPC[U-100% 2H]1
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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