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- PDB-1unc: Solution structure of the human villin C-terminal headpiece subdomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1unc
タイトルSolution structure of the human villin C-terminal headpiece subdomain
要素VILLIN 1
キーワードACTIN BINDING / F-ACTIN BINDING / CYTOSKELETON / HEADPIECE SUBDOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


terminal web assembly / intestinal D-glucose absorption / regulation of microvillus length / regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / positive regulation of actin filament depolymerization / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly ...terminal web assembly / intestinal D-glucose absorption / regulation of microvillus length / regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / positive regulation of actin filament depolymerization / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / positive regulation of multicellular organism growth / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / actin filament bundle / brush border / microvillus / positive regulation of epithelial cell migration / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / epithelial cell differentiation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / filopodium / positive regulation of protein localization to plasma membrane / response to bacterium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / lamellipodium / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / protein-containing complex assembly / positive regulation of cell migration / apoptotic process / calcium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Vermeulen, W. / Van Troys, M. / Vanhaesebrouck, P. / Verschueren, M. / Fant, F. / Ampe, C. / Martins, J. / Borremans, F.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Solution Structures of the C-Terminal Headpiece Subdomains of Human Villin and Advillin, Evaluation of Headpiece F-Actin-Binding Requirements
著者: Vermeulen, W. / Vanhaesebrouck, P. / Van Troys, M. / Verschueren, M. / Fant, F. / Goethals, M. / Ampe, C. / Martins, J. / Borremans, F.
履歴
登録2003年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VILLIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0311
ポリマ－4,0311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 500target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VILLIN 1 / VILLIN


分子量: 4030.668 Da / 分子数: 1 / 断片: HEADPIECE SUBDOMAIN, RESIDUES 792-826 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P09327
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
141E.COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D-1H NMR

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試料調製

試料状態pH: 4.3 / 圧: 1 atm / 温度: 294 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
Insight IIACCELRYS精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: AMBER FORCEFIELD REFINEMENT USING SIMULATED ANNEALING
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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