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- PDB-2jm6: Solution structure of MCL-1 complexed with NOXAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jm6
タイトルSolution structure of MCL-1 complexed with NOXAB
要素
  • Myeloid cell leukemia-1 protein Mcl-1 homolog
  • Noxa
キーワードAPOPTOSIS / MCL-1 / BCL-2 / HELICAL BUNDLE / BH3-ONLY
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of NOXA and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH domain binding / channel activity / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion ...Activation of NOXA and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH domain binding / channel activity / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / T cell homeostasis / BH3 domain binding / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of anoikis / response to X-ray / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to UV / negative regulation of fibroblast proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsMCL-1/NOXAB complex
データ登録者Czabotar, P.E. / Lee, E.F. / van Delft, M.F. / Day, C.L. / Smith, B.J. / Huang, D.C.S. / Fairlie, W.D. / Hinds, M.G. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural insights into the degradation of Mcl-1 induced by BH3 domains
著者: Czabotar, P.E. / Lee, E.F. / van Delft, M.F. / Day, C.L. / Smith, B.J. / Huang, D.C.S. / Fairlie, W.D. / Hinds, M.G. / Colman, P.M.
履歴
登録2006年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Noxa
B: Myeloid cell leukemia-1 protein Mcl-1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4052
ポリマ－21,4052
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256lowest energy, least restraint violations, structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Noxa


分子量: 3144.715 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 68-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pmaip1, Noxa / プラスミド: PET-31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9JM54
#2: タンパク質 Myeloid cell leukemia-1 protein Mcl-1 homolog / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein


分子量: 18260.670 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 152-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mcl1 / プラスミド: PGEX6P-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P97287

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: MCL-1/NOXAB complex
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1323D 1H-13C NOESY
1423D 1H-15N NOESY
1533D HNHA
1633D HNHA
1733D HNHB
1823D HNHB
1913D HNCA
11023D HNCA
11113D (H)CCH-TOCSY
11223D (H)CCH-TOCSY
11313D HNCO
11423D HNCO
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard 3D heteronuclear methods

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-99% 13C, U-99% 15N] MCL_1, 0.5 mM NOXAB, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM MCL-1, 0.5 mM [U-100% 13C, U-100% 15N] NOXAB, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5 mM [U-15N] MCL-1, 0.5 mM NOXAB, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMCL_1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mMNOXABnatural abundance1
0.5 mMMCL-1natural abundance2
0.5 mMNOXAB[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.5 mMMCL-1[U-15N]3
0.5 mMNOXABnatural abundance3
試料状態イオン強度: 120 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVBrukerAV5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AVBrukerAV8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3BRUKER BIOSPINcollection
TopSpin1.3BRUKER BIOSPIN構造決定
XEASY1.3.13Bartels et al.構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy, least restraint violations, structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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