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- PDB-1wsx: Solution structure of MCL-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wsx
タイトルSolution structure of MCL-1
要素myeloid cell leukemia sequence 1
キーワードAPOPTOSIS / helical bundle / Bcl-2 / BH3 / Mcl-1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / apoptotic mitochondrial changes / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Bcl-2 family protein complex / apoptotic mitochondrial changes / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of apoptotic process / cell differentiation / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, distance geometry, simulated annealing
データ登録者Day, C.L. / Chen, L. / Richardson, S.J. / Harrison, P.J. / Huang, D.C. / Hinds, M.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of Prosurvival Mcl-1 and Characterization of Its Binding by Proapoptotic BH3-only Ligands
著者: Day, C.L. / Chen, L. / Richardson, S.J. / Harrison, P.J. / Huang, D.C. / Hinds, M.G.
履歴
登録2004年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: myeloid cell leukemia sequence 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2611
ポリマ－18,2611
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations, structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 myeloid cell leukemia sequence 1 / Myeloid Cell Leukemia-1


分子量: 18260.670 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 152-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mcl-1 / プラスミド: PLASMID / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97287

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNHA
1213D 15N-separated NOESY
2313D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: the structure was determined using standard 3D heteronuclar NMR techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM U-15N Mcl-150mM Sodium Phoshate; 70mM Sodium Chloride; 0.04% Sodium Azide; 95% H2O, 5% D2O
21mM U-13C,15N Mcl-150mM Sodium Phoshate; 70mM Sodium Chloride; 0.04% Sodium Azide; 95% H2O, 5% D2O
試料状態イオン強度: 120mM / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVBrukerAV5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker AGcollection
XEASY1.3.13Bartels, C., Xia, T.H., Billeter, M., Guntert, P., and Wuthrich, K.データ解析
DYANA1.5Guntert, P., Mumenthaler, C., Wuthrich, K.構造決定
XPLOR-NIH2C.D.SCHWIETERS,J.J.KUSZEWSKI,N.TJANDRA,G.M.CLORE精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, distance geometry, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 3974 constaints, 3507 are NOE-derived distance constraints, 335 dihedral angle restraints and 66 hydrogen bond constraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations, structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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